出入境检验检疫机构根据国家有关动植物检疫法律法规、与输出国签订的双边协定、贸易合同和信用证等规定对动植物、动植物产品和其他检疫物实施检疫，对不合格的入境检疫物签发《检疫处理通知单》，通知货主或其代理人在出入境检验检疫机构的监督和技术指导下作熏蒸、消毒、退回或销毁等处理，具体处理方法根据货物携带病虫害的不同情况而决定。
经检疫发现入境检疫物携带我国政府禁止传入的一、二类危险性病虫害，整批货物必须作熏蒸、消毒等灭害处理。如无有效处理方法或病虫害为害严重并已失去使用价值的，作退回或销毁处理。
经检疫发现入境检疫物携带危险性病虫害违反双边协定、贸易合同和信用证规定；或者病虫害为害严重，影响货物质量的作熏蒸、消毒等灭害处理。无有效处理方法或病虫害为害严重并已失去使用价值的，作退回或销毁处理，但通过限制措施能达到防疫目的，则采取限制使用地区、使用范围、使用时间、限制加工地点、加工方式、加工条件等措施，达到检疫目的。