过境植物检疫是国家为防止植物危险性病、虫、杂草随过境植物、植物产品和其它检疫物传入国内，保护国内农、林业生产安全而采取的一种手段，它不亚于入境植物检疫对防止植物危险性病、虫、杂草传入国内的重要意义。过境植物检疫的作用主要有：
（一）防止植物危险性病、虫、杂草传入，保护农、林业生产安全过境的植物、植物产品和其它检疫物，虽然不在国内的某个城镇卸载、停放，但过境物品在我国境内长时间、长距离运输，加之温湿度变化及其它环境因素的影响，会给植物危险性病、虫、杂草的传播创造良好的时机和条件。如欧洲国家运往越南，或香港运往朝鲜的植物、植物产品，其所经路线贯彻我国大江南北；再如美国经天津新港运往蒙古国的植物产品，途经我国主要的农、牧业区，一旦植物危险性病、虫、杂草传入，将对我国的农牧业生产带来不可估量的损失。因此，过境植物检疫对防止危险性病、虫、杂草传入，对保护国内农、林业生产安全，对维护国家主权都具有极其重要的作用。
（二）履行国际义务，促进国际贸易
在当今世界中，发展国际贸易，促进国际间物资交流，开展科技协作，是推动世界经济发展不可缺少的手段。由于地理条件的限制，各国或地区间的贸易往来不可能都是直接相通，而必须经其它国家或地区才能完成，因而产生了在其它国家或地区过境的问题。一个国家或地区向另一个国家或地区运送物资，在对我国国家主权和安全不构成损害和威胁时，我们将按国际惯例给予方便。过境的植物、植物产品和其它检疫物在符合我国有关检疫要求的条件下，可以获得过境许可。因此，过境植物检疫是促进国际贸易发展的一个重要环节，也是我们履行国际义务的一个重要方面。