肠结核主要位于回盲部，其他发病部位依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和乙状结肠等处，少数见于直肠。偶见食管结核、胃结核。
对结核分枝杆菌的免疫力与过敏反应程度影响本病的病理性质。当人体的过敏反应强，病变以炎症渗出性为主；当感染菌量多、毒力大，可发生干酪样坏死，形成溃疡，成为溃疡性肠结核。机体免疫状况良好，感染较轻，则表现为肉芽组织增生和纤维化，成为增生型肠结核。兼有这两种病变者并不少见，称为溃疡增生型或混合型肠结核。
1.溃疡型肠结核
肠壁淋巴组织呈充血、水肿及炎症渗出性病变，进一步发展为干酪样坏死，随后形成溃疡，溃疡边缘不规则，深浅不一。可深达肌层或浆膜层。并且累及周围腹膜或邻近肠系膜淋巴结。因为溃疡基底多有闭塞性动脉内膜炎，所以较少发生肠出血。因为在慢性发展过程中，病变肠段常与周围组织紧密粘连，所以溃疡一般不发生急性穿孔，但是可发生慢性穿孔而形成腹腔内包裹性脓肿或肠瘘。在病变修复过程中，大量纤维组织增生和瘢痕形成可致肠管变形和狭窄。
2.增生型肠结核
多局限在盲肠。有时可累及升结肠近段或回肠末段，可见大量结核肉芽肿和纤维组织增生，局部肠壁增厚、僵硬，亦可见瘤样肿块突入肠腔，上述病变均可使肠腔变窄，引起梗阻。
3.混合型肠结核