肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。因为肠结核早期病变是可逆的，故强调早期治疗。
1.休息与营养
休息与营养可以加强患者的抵抗力，是治疗的基础。
2.抗结核化学药物治疗
是本病治疗的关键。
3.对症治疗
腹痛可用抗胆碱能药物。对不完全性肠梗阻患者，需进行胃肠减压。摄入不足或腹泻严重者应注意纠正水、电解质与酸碱平衡紊乱。
4.手术治疗
适应证包括：①急性肠穿孔，或慢性肠穿孔瘘管形成经内科治疗而未能闭合者；②完全性肠梗阻；③肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者；④诊断困难需剖腹探查者。