地形、地势
日本境内多山，山地成脊状分布于日本的中央，将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧，山地和丘陵占总面积的71%，国土森林覆盖率高达67%。富士山是日本的最高峰，海拔3776米。富士山被日本人尊称为：圣岳
日本的平原主要分布在河流的下游近海一带，多为冲积平原，规模较小，较大的平原有关东平原、石狩平原、越后平原、浓尾平原、十胜平原等。日本平原面积狭小，耕地十分有限，人口生理密度高达3054人/平方公里，为世界第二，仅次于埃及(3503人/平方公里)。
日本位于太平洋火山地震带上，是太平洋板块与亚欧板块挤压碰撞的地方，火山活动频繁，给当地人们的生活带来了很大麻烦。全国有200多座火山，其中50多座是活火山，为世界上有名的地震区。在火山分布地区，景色优美，温泉资源丰富，成为著名的观光疗养地。
河流、平原、湖泊
日本境内河流流程短水能资源丰富，最长的信浓川长约367公里;最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方公里。
日本的河流大多发源于中部山地，向东西两侧流入太平洋和日本海。由于日本东西狭窄，加之山势陡峭，河流多短而急促。在梅雨和台风季节，水量增大，容易形成洪水。为此，日本修筑了大量的堤防和水库，用于防洪。河水广泛用于生活用水、农业和工业用水、水力发电。
海岸线和海洋
日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。
在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流(黑潮)环绕、东北部形成千岛寒流(亲潮)，西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处，鱼类资源丰富，成为天然渔场。 由于地处海洋的包围之中，属温带海洋性季风气候，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃，南部16℃;7月北部17℃，南部28℃。年降水量700—3500毫米，最高达4000毫米以上。近年，导致海水升温的厄尔尼诺现象也对日本产生影响，主要是梅雨持续时间延长，容易形成冷夏和暖冬。 地貌地质
日本位于亚欧板块和太平洋板块的消亡边界，为西太平洋岛弧-海岸山脉-海沟组合的一部分。全国68%的地域是山地。日本最高的山是著名的富士山，海拔3,776米。由于平原较少，日本很多山上都种植农作物，最大的平原为关东平原。日本位于环太平洋火山地震带，全球有十分之一的火山位在日本，在全国都时常会发生火山活动。严重的地震则每一个世纪都会发生几次;近年发生的阪神大地震、新舄县中越地震都是里氏6级以上的强震，受到世界各国关注。日本的温泉很多，并且已经发展成为旅游景点。
由于日本的岛屿呈北东向延伸得很长，南北跨越纬度约20度，因此有许多种气候类型。气候类型大部分是温带季风气候，南部的九州岛、四国、琉球群岛有副热带季风气候。北部的岛屿夏天温暖，冬天则十分漫长、寒冷，还时常有大量降雪。而中西部地区则冬天比较干燥，很少下雪，夏天潮湿。