船舶入境卫生检疫查验的程序包括请船长到场、索取和检查船舶有关文件、流行病学调查、医学检查、船舶卫生检查、判断检查结果、签发检疫证书等七个步骤：
1.船长是船舶的法人代表，对全船一切事务负有法律责任。船舶接受入境卫生检疫是船长尊重入境国主权的法律义务，《国境卫生检疫法实施细则》规定船长必须如实回答卫生检疫医师的讯问，因此必须请船长到场接受船舶的入境卫生检疫；
2.索取和检查船舶有关证书：根据《国境卫生检疫法实施细则》规定，必须索取和检查航海健康申报书、除鼠证书或免予除鼠证书、船员名单、旅客名单、载货清单、饮水食品清单、预防接种证书（来自黄热病疫区或地方性流行区）、船员健康证明书（中国籍船舶）等；
3.流行病学调查：根据船长提供的有关证书，结合航线和疫情查清船上人员、货物、载水、食品、个人行李物品与疫区的接触关系，防鼠、灭蚊情况，特殊物品携载情况，船员发病情况；
4.医学检查：船舶来自各检疫传染病疫区未超过潜伏期或在航行中曾有发热、皮疹、淋巴结肿大、黄疸、呕吐、腹泻病人，或载有非因意外伤害而死亡的尸体，或发现有啮齿动物反常死亡时，必须坚持船上人员的医学检查，检查方法有视、问、触（病人）、闻和采样等方法；
5.船舶卫生检查：应在船方人员陪同下根据来自不同疫区有针对性地进行，特别是疫区来船尤应坚持。以鼠患、载水、废水、压舱水、废物、舱室、食堂、餐厅卫生为主要内容；
6.判断检验结果：根据流行病学调查、医学检查、卫生检查的结果，对入境船舶有否染疫进行判断，并按《国境卫生检疫法实施细则》有关规定进行处理；
7.签发检疫证书：根据判断结果签发准予进港靠泊的“入境检疫证”或根据《国境卫生检疫法实施细则》实施卫生处理或宣布限制措施后，签发“入境检疫证”。