植物检验检疫处理是针对检疫危险性有害生物，对不符合检疫要求的检疫物（应检物）进行除害防疫的有效手段，是植物检验检疫的重要环节。检疫处理有化学药剂熏蒸、热处理、冷处理、速冻处理、辐照处理和药剂浸渍或喷雾处理等方法。
目前国内外在检验检疫中应用最广的是化学药剂熏蒸处理法。在熏蒸杀死害虫的过程中，导致害虫死亡的最重要因素是温度、害虫接触药剂浓度和害虫在这一浓度药剂中的暴露时间。在温度不变的情况下，起决定作用的是害虫接触的药剂浓度和暴露时间的乘积，筒称浓度时间积。这里所述的药剂浓度是指害虫接触的药剂实际浓度，而非投药量除以熏蒸空间的体积。先进国家在使用溴甲烷进行熏蒸处理时，都以溴甲烷的浓度时间积作为熏蒸处理的标准，采用这样的标准化熏蒸方法进行检验检疫处理才能获得安全稳定的处理效果。
国家检验检疫局在受理进境物申请时，根据申请报告、各地检验检疫机构签署的意见、引进物的性质、动植物病虫害的风险等作出审批决定。
在受理货主报审后，对来自有害生物非疫区的需审批的检疫物，3天以内给予批复（能当天批复的当天批复）；来自有害生物疫区需特批的检疫物，5天以内给予批复；进口粮在接到申请后7个工作日作出答复。
对同意引进的，提出检疫要求，指定进境口岸和进境后的隔离检疫场所，批准引进数量。
货主、物主或其代理人应在贸易合同（或有关协议）中订明国家检验检疫局提出的检疫要求，认真遵守检疫审批意见，配合各地检验检疫机构的检疫工作。