电子报检是检验检疫实施“电子申报、电子监管、电子放行”新“三电”工程中的重要组成部分。报检单位通过安装企业端电子申报软件将报检数据经互联网进入检验检疫综合管理系统，检验检疫机构对报检数据的审核是采取“先机审，后人审”的程序进行,对报检数据企业发送电子报检数据，电子审单中心按计算机系统数据规范和有关要求对数据进行自动审核，对不符合要求的，反馈错误信息；符合要求的，将报检信息传输给受理报检人员，受理报检人员人工进行再次审核，符合规定的将成功受理报检信息同时反馈报检单位和施检部门，并提示报检企业与相应的施检部门联系检验检疫事宜。
1. 出境货物受理电子报检后，报检人应按受理报检回执的要求，在检验检疫机构施检时，提交报检单和随附单据。
2. 入境货物电子申报后，报检人应按受理报检信息的要求，在报检时提交报检单和随附单据。对口岸已报检通关再到货物到货地检验检疫的，应在报检时提交《入境货物通关单》副本（入境货物调离通知单）或复印件，不必再进行电子申报。
3. 电子报检人对已发送的报检申请需要更改或撤消报检时，应到检验检疫机构申请，检验检疫机构按有关规定办理。
4. 报检企业接到报检成功的信息后，按信息中心的提示与施检部门联系检验检疫。在现场检验检疫时，持报检软件打印的报检单和全套随附单据交施检人员审核，不符合要求的，施检人员通知报检企业立即更改，并将不符合情况反馈受理报检部门。
5. 计费由电子审单系统自动完成，接到施检部门转来的全套单据后，对照单据进行计费复核。报检单位逐票或按检验检疫规定的时间缴纳检验检疫等有关费用。
6. 签证放行由签证部门按规定办理。
7. 电子报检人应确保电子报检信息真实、准确，不得发送无效报检信息。报检人发送的电子报检信息应与提供的报检单及随附单据有关内容保持一致。在规定的报检时限内将相关出入境货物的报检数据发送至报检地检验检疫机构。对合同或信用证中涉及检验检疫特殊条款和特殊要求的，电子报检人须在电子报检申请中同时提出。
8. 实行电子报检的报检人的名称、法定代表人、经营范围、经营地址等变更时，应及时向当地检验检疫机构办理变更登记手续。