杂草检疫首先是进行现场检疫，在现场检查货物本身和周围环境是否混有杂草籽，然后按规定的比例和方法扦取样品，于室内进行检查。室内检验时，先称重标识样品再选择适宜的套筛 ( 或电动筛 ) 过筛，所用筛子一般为二层筛，过筛后，将筛过的样品倒入搪瓷盘内，其余各筛下物倒入小搪瓷盘或培养皿内，分别进行杂草种子检查，即将样品及筛下物中的全部杂草种子挑选出来，再进行种子鉴定。
以假高粱为例：现场检疫时用小套筛过筛，在 1.5mm 筛的筛上物中检查产品中有无假高粱籽实，然后按标准扦取约一公斤左右的样品于室内检验。样品先用电动筛过筛，电动振荡三分钟后，对 2.5mm 以上的样品及 2.5-1.5mm 的筛下物于白搪瓷盘中检查。一旦确定为假高粱种子后，要立即通知港区和货主，港区应立即停止卸货，货主应将该批货物的流向告知出入境检验检疫机构并通知具体用货单位存放好货物。出入境检验检疫机构将派员立即了解用货单位所用货物的生产目的、工艺流程、产品流向及周围环境等，确信该批货物在此使用假高粱扩散和成活的可能性几乎为零时，才能允许使用，否则需把该批货物调离使用。在用货单位加工使用过程中，仍需前往取样监管，以确保无具活力的假高粱种子扩散。