根据《进出境集装箱检验检疫管理办法》的规定，进出境集装箱检验检疫的报检按如下规定办理。
一、进境集装箱检验检疫的报检
(一)进境集装箱应实施检验检疫的范围
1．所有进境集装箱应实施卫生检疫。
2．来自动植物疫区的，装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的，以及箱内带有植物性包装物或铺垫材料的集装箱，应实施动植物检疫。
3．法律、行政法规、国际条约规定或者贸易合同约定的其他应当实施检验检疫的集装箱，按照有关规定、约定实施检验检疫。
(二)申请进境集装箱检验检疫时应提供的单据申请进境集装箱检验检疫时应提供合同、提单等有关单据。
(三)进境集装箱报检及检验检疫工作程序
1．申请人在报关前，向进境口岸所在地区检验检疫机构办理申请，填写《出／入境集装箱报检单》。
2．检验检疫机构对集装箱(包括火车保温车厢)实施检验检疫。
3．检验检疫机构对经过检验检疫的集装箱，发给《集装箱检验检疫结果单》。
4．进境集装箱及其装载的应检货物经检验检疫合格的，准予放行；经检验检疫不合格的关规定处理。
5．装运经国家批准进口的废物原料的集装箱，应当由进境口岸检验检疫机构实施检验检疫。经检验检疫符合国家环保标准的，签发检验检疫情况通知单；不符合环保标准的，出具检疫证书并移交当地海关、环保部门处理。
(四)进境集装箱报检的时间
进境集装箱报检人应当在办理报关手续前向进境口岸检验检疫机构报检，不得提运或拆箱。
二、出境集装箱检验检疫的报检
(一)出境集装箱应实施检验检疫的范围
1．所有出境集装箱应实施卫生检疫。
2．装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的集装箱应实施动植物检疫。
3．装运出口易腐烂变质食品、冷冻品的集装箱应实施适载检验。
4．输入国要求实施检验检疫的集装箱，按要求实施检验检疫。
5．法律、行政法规、国际条约规定或贸易合同约定的其他应当检验检疫的集装箱按有关规定约定实施检验检疫。
(二)出境集装箱的报检
申请出境集装箱检验检疫时，报检人应填写《出／入境集装箱报检单》，并提供相关的资料和单据，经检验检疫合格的领取《集装箱检验检疫结果单》。
(三)出境集装箱报检的时限和地点
出境集装箱应在装货前向所在地检验检疫机构报检，未经检验检疫机构许可不准装运。
(四)新造集装箱的检验检疫
新造集装箱，指由专门的集装箱生产企业生产的未使用过的集装箱。
1．对不使用木地板的新造集装箱，仅作为商品空箱出口时不实施检验检疫，不收取任何检验检疫费。
2．对使用木地板的新造集装箱，仅作为商品空箱出口时，按如下规定办理：
(1)所使用的木地板为进口木地板，且进口时附有用澳大利亚检验检疫机构认可的标准作永久性免疫处理的证书，并经我检验检疫机构检验合格的，出口时可凭我检验检疫合格证书放行，不实施出境检疫，不收费；
(2)所使用的木地板为国产木地板，且附有已用澳大利亚检验检疫机构认可的标准作永久性免疫处理的证明的，出口时可凭该处理证明放行，不实施出境检疫，不收费；
(3)使用的进口木地板没有我进口检验检疫合格证书或使用国产木地板没有用澳大利亚检验检疫机构认可的标准作永久性免疫处理的，应实施出境动植物检疫，并收取相应检疫费用。
(五)出境集装箱检验检疫应注意的问题
1．经检验检疫机构检验检疫符合装运条件的集装箱，不能及时装货时，应由申请人自己加封，妥善保管。
2．经检验检疫机构检验不符合装运技术条件的集装箱，装运部门要根据要求进行整理，重新申请检验检疫。经检验检疫仍不合格，装箱部门必须采取有效措施达到技术条件要求，再次申请检验。