植物检疫类：2种
“植物检疫证书”：适用于符合输入国家或地区以及贸易合同签订的检疫要求的出境植物、植物产品以及其他检疫物（指植物性包装铺垫材料、植物性废弃物等）。
“植物转口检疫证书”：适用于从输出方运往中国并经中国转口到第三方（包括到港、澳、台等地区）的符合相关检疫要求的植物、植物产品以及其他检疫物。
运输工具检疫类：6种
“船舶入境卫生检疫证”：适用于入境卫生检疫时没有染疫的或不需要实施卫生处理的国际航行船舶。
“船舶入境检疫证”：适用于入境卫生检疫时，需实施某种卫生处理或离开本港后应继续接受某种卫生处理的国际航行船舶。
“交通工具卫生证书”：适用于申请电讯卫生检疫的交通工具，包括船舶、飞机、火车等。
“交通工具出境卫生检疫证书”：适用于出境交通运输工具的卫生检疫。
“除鼠证书/免予除鼠证书”：除鼠证书用于船舶实施鼠患检查后，发现鼠患并进行除鼠的情况；免予除鼠证书用于船舶实施鼠患检查后，未发现鼠患亦未采取任何除鼠措施的情况。
“运输工具检疫证书”：适用于⑴经动植物检疫合格的出入境交通运输工具；⑵经卫生检疫合格的入境运输工具，如飞机、火车等。（注：入境国际航行船舶卫生检疫用格式c6-1或c6-2）。
检疫处理类：2种
“熏蒸/消毒证书”：适用于经检疫处理的出入境动植物及其产品、包装材料、废旧物品、邮寄物、装载容器（包括集装箱）及其他需检疫处理的物品等。
“运输工具检疫处理证书”：适用于对出入境交通运输工具熏蒸、消毒、除虫（含灭蚊），包括对交通运输工具员工及旅客用食品、饮用水以及运输工具的压舱水、垃圾、污水等项目实施检疫处理。
国际旅行健康类：2种
“国际旅行健康检查证明书”：适用于出境人员的健康检查。凡申请出境居住一年以上的中国籍人员，必须持有此证明。
“国际预防接种证书”：适用于对国际旅行人员的预防接种。