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出入境检验检疫工作流程是指报检/申报、计/收费、抽样/采样、检验检疫、卫生除害处理、签证放行的全过程。
一、报检/申报
报检/申报是指申请人按照法律、法规或规章的规定向检验检疫机构申报检验检疫工作的手续。检验检疫机构工作人员审核报检人提交的报检单内容填写是否完整、规范，应附的单据资料是否齐全、符合规定，索赔或出运是否超过有效期等，审核无误的，方可受理报检。对报检人提交的材料不齐全或不符合有关规定的，检验检疫机构不予受理报检。因此，报检人应及时了解掌握检验检疫有关政策，在报检时按检验检疫机构有关规定和要求提交有关资料。
二、计/收费
对已受理报检的，检验检疫机构工作人员按照《出入境检验检疫收费办法》的规定计费并收费。
三、抽样/采样
对须检验检疫并出具结果的出入境货物，检验检疫人员需到现场抽取（采取）样品。所抽取（采取）的样品有的并不能直接进行检验，因此，需要对样品进行一定的加工，这称为制样。样品及制备的小样经检验检疫后重新封识，超过样品保存期后销毁。
四、检验检疫
检验检疫机构对已报检的出入境货物，通过感官、物理、化学、微生物等方法进行检验检疫，以判定所检对象的各项指标是否符合有关强制性标准或合同及买方所在国官方机构的有关规定。目前，检验检疫的方式包括全数检验、抽样检验、型式试验、过程检验、登记备案、符合性验证、符合性评估、合格保证和免予检验等九种。
五、卫生除害处理
按照《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例的有关规定，检验检疫机构对有关出入境货物、动植物、运输工具、交通工具等实施卫生除害处理。
六、签证与放行
出境货物，经检验检疫合格的，检验检疫机构签发《出境货物通关单》及相关检验检疫证书，作为货物通关的依据；经检验检疫不合格的，签发《出境货物不合格通知单》。
入境货物，检验检疫机构受理报检并进行必要的卫生除害处理后或检验检疫后签发《入境货物通关单》，海关据以验放货物后，经检验检疫机构检验检疫合格的，签发《入境货物检验检疫证明》；不合格的，签发检验检疫证书，供有关方面办理对外索赔及相关手续。