从卫生检疫观点来讲，国境卫生检疫法实施细则第二条规定：“运输设备指货物集装箱”，它强调了集装箱的运输设备属性。第十条规定：“入出境的集装箱、货物、废旧物等物品在到达口岸的时候，承运人、代理人或者货主，必须向卫生检疫机构申报并接受卫生检疫。”这一点是基于防止传染病通过集装箱传入传出而考虑的;从商检角度讲，它也强调了集装箱的运输设备属性，商检法第十六条规定：“对装运出口易腐烂变质食品的船舱和集装箱，承运人或者装箱单位必须在装货前申请检验。未经检验合格的，不准装运”。从动植物检疫观点来讲，集装箱具有装载容器和运输设备的双重属性。一是它具有装载货物和方便运输的功能，二是具有运输设备反复装载货物的功能，往返于世界各国和地区之间。
二、集装箱的规格及检验检疫工作中用到的术语
目前，世界上普通使用的是6.15米(20英尺)和12.3米(40英尺)长两种标准集装箱。以6.15米(20英尺)集装箱为一个标准单位(TEU是英文TwentyEquivalentUnit的缩写)，这是一个国际标准单位。
卫生除害处理：即卫生处理和除害处理，是指熏蒸、消毒、除虫、灭菌、除鼠等消除有害生物的措施。
三、集装箱检验检疫内容
(一)强制性检验
检验范围：对装运出口易腐烂变质食品、冷冻品的集装箱，在装运前实施清洁、卫生、冷藏效能、密固状况等适载性检验。
检验内容：箱体、箱门完好，箱号清晰，安全铭牌齐全;箱体无有毒有害危险品标志;箱内清洁、卫生、无有毒有害残留物，且风雨密状况良好;箱内温度达到冷藏要求，符合《商检法》及其实施条例的规定。
(二)非强制性检验鉴定
包括：集装箱载损鉴定、集装箱货物的装箱鉴定、集装箱货物的拆箱鉴定、集装箱承租鉴定、集装箱退租鉴定、集装箱的单项鉴定。
(三)集装箱检疫
主要是检查集装箱是否来自疫区;是否被人类传染病和动物传染病病原体污染;是否带有植物危险性病、虫、杂草以及其它有害生物;有无啮齿动物、蚊、蝇、蟑螂等病媒生物;是否被有毒有害物质污染;是否清洁;是否带有土壤、动植物残留物;有无废旧物品、特殊物品、尸体、棺柩等;并按规定实施卫生除害处理。
国家质检总局第17号令《进出境集装箱检验检疫管理办法》规定了集装箱检疫范围：
1.对装载出境植物、动植物产品和其他检疫物的出境集装箱，实施动植物检疫。
2.所有入出境的集装箱，都应向检验检疫机构申报，实施卫生检疫。
3.凡装载动植物、动植物产品和其他检疫物的入境(含过境)集装箱。
4.来自动植物疫区的集装箱(含空箱和重箱)应实施动植物检疫。
5.箱内带有植物性包装物或铺垫物的入境集装箱。
四、集装箱检验检疫要求及检验方法
(一)集装箱检疫要求
1.装箱箱体表面标有集装箱所用裸露木材已按照有关规定进行免疫处理的免疫牌(标识);
2.集装箱未携带啮齿动物及蚊、蝇、蟑螂等病媒昆虫;
3.集装箱未被人类传染病和国家公布的一、二类动物传染病、寄生虫病病原体污染;
4.集装箱未携带植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物;
5.集装箱未携带土壤、动物尸体、动植物残留物;
(二)集装箱检验方法
1.箱体外表检疫查验
(1)以目视方法核查集装箱箱号，查看集装箱箱体是否完整;
(2)检查集装箱箱体是否有免疫牌;
(3)检查集装箱外表是否带有土壤、非洲大蜗牛等。携带土壤的，清除土壤并进行卫生除害处理;
2.箱内检疫查验
(1)检查箱内有无啮齿动物、病媒昆虫或其粪便、足迹、咬痕、巢穴以及其他有害生物等，若有要采样。
(2)检查箱内有无植物危险性病、虫、杂草、土壤、动物尸体、动植物残留物等，若有要采样并进行卫生除害处理;
(3)检查箱内有无被病原微生物或理化因子污染可能的，如发现,采样送实验室检验，并作消毒处理。
五、实施集装箱检验检疫工作的法律依据
(一)《国境卫生检疫法实施细则》第四条：入出境的人员、交通工具和集装箱，以及可能传播检疫传染病的行李、货物、邮包等，均应当按照本细则的规定接受检疫，经卫生检疫机关许可，方准入境或出境。
(二)第十条：入出境的集装箱、货物、废旧物等物品在到达口岸的时候，承运人、代理人或者货主，必须向卫生检疫机关申报并接受卫生检疫。对来自疫区的、被传染病污染的以及可能传播检疫传染病或者发现与人类健康有关的啮齿动物和病媒昆虫的集装箱、货物、废旧物等物品，应当实施消毒、除鼠、除虫或者其他必要的卫生处理。
集装箱、货物、废旧物等物品的货主要求在其他地方实施卫生检疫、卫生处理，的卫生检疫机关可以给予方便，并按规定办理。
(三)《中华人民共和国进出口商品检验法实施条例》第二十九条：对装运出口易腐烂变质的食品、冷冻品的船舱、集装箱等运载工具，承运人、装箱单位或者其代理人必须在装运前向商检机构申请清洁、卫生、冷藏、密固等适载检验;经检验合格并取得证书的，方可装运。
(四)国家质检总局(原国家出入境检验检疫局)第17号令，《进出境集装箱检验检疫管理办法》。
六、集装箱卫生除害处理方法简介
(一)蒸熏：所谓蒸熏就是利用化学药品的燃烧、化学反应，生成有毒气体，在短时间内达到一定的浓度，来熏杀啮齿动物、媒介昆虫、有害微生物及动植物病虫等。
蒸熏剂应具备的条件：
1.具有强烈熏杀作用，能毒杀隐藏在不易发觉和不易接触地点的啮齿动物、媒介昆虫、有害微生物及动植物病虫等;
2.使用方便，性能稳定，不易受湿度及气候的影响;
3.对各种物品无损害，不留残毒和气体。
常用的蒸熏剂：
1.溴化甲烷(CH3Br)：
气体比重3.27，蒸熏剂量30-48g/m3，对鼠，特别对病媒昆虫有较好的毒杀作用。渗透性与扩散性强、散毒快，副作用：使人易产生慢性蓄积性中毒。
2.二氧化硫(SO2)：
气体比重2.26，蒸熏剂量50-75%/m3，除鼠、灭蚤效果好，有刺激性、使用安全，但用量大，对蒸熏的物品有损坏作用，蒸熏后较长时间内留有刺激性气味。
3.氯化物(CC3NO2)：
物体比重5.7，蒸熏剂量40-50g/m3也是有效的灭鼠剂，有强烈的刺激性和催泪作用，易被察觉，使用安全，但不易在12oC以下使用，且用量较大。
4.硫酰氟(SO2F2)：
环境温度在5℃-10℃，硫酰氟的剂量起始浓度达到104g/m3，密闭时间至少24小时。
5.环氧乙烷(CH3OCH3)
穿透性强，作用时间迅速，作用时间迅速，35-40g/m3。
(二)消毒
适用消毒剂的要求：
1.杀灭各种微生物的广谱杀剂、高效、快速和使用简便。
2.使用浓度不致损坏和腐蚀被消毒物品。
3.对人、畜和食品无害。
4.受外界影响因素少。
5.消毒后的物品，不遗留残毒。
6.不易发生火灾或爆炸。
常用消毒剂：
1.过氧乙酸：1-3%/m3，多用于蒸熏消毒，作用时间密闭90-120分钟，其0.5-1%过氧乙酸作用表面喷洒消毒，200-300ml/m2。
2.福尔马林：浓度4%的溶液，表面喷雾消毒。
3.次氯酸钠：(5ppm)表面喷洒消毒。
(三)杀虫
杀虫剂的要求：
1.效果明显，毒杀时间快，残效期长，对人畜及器物无害。
2.杀虫谱广，作用途径多样化，对昆虫的卵、幼虫、蛹和成虫均有毒杀作用。
3.选用昆虫不易产生抗药性及无交叉抗药性的药剂。
4.选用长效低残毒，在自然条件下经一定时间能自然降解，不会造成公害的杀虫剂。
常用的杀虫剂：粉剂、可湿性粉剂、乳油、溶液、烟剂、饵剂、颗粒剂等
1.二氯苯醚菊酯：油剂1ml/m3(0.4%)喷雾10-20分钟。
2.溴氢菊酯可湿性粉剂(2.5%)，配制3%水溶液，喷洒10ml/m2。
3.气雾杀虫剂(喷雾弹)。
4.环氧乙烷。