单心房需与室间隔缺损、完全性肺静脉异常回流、完全性大动脉错位、三尖瓣闭锁和完全性房室管畸形等鉴别。单心房临床症状和体征类似大型房间隔缺损或房室管畸形，但症状出现早而重，有紫绀但肺血流量增多，心房水平有大量左向右分流但无明显肺动脉高压的证据为其特征。从病理上来看，室间隔缺损者有部分房间隔残留，房间隔缺损较少，这一点有利于两者的鉴别诊断。其它疾病如完全性肺静脉异常回流、完全性大动脉错位、三尖瓣闭锁和完全性房室管畸形等也可以通过其它辅助检查方法而查出。