1.囊肿直径<5cm者，一般不行手术治疗，定期行B型超声复查，观察其变化。
2.单发性囊肿直径5～10cm者或多发性肝囊肿，有2个直径>5cm者，可考虑手术治疗。有腹部包块、疼痛或压迫症状明显，或有并发症时，应考虑手术治疗。
3.年迈体差或重要脏器功能明显异常者，决定手术治疗时要慎重。合并多囊肾而肾功能严重损害者，一般不宜手术。
手术方法
1.囊肿穿刺抽液术
在B型超声监控引导下经皮囊肿穿刺，抽尽囊液。此法操作简单，可重复穿刺或穿刺后置管。穿刺前须除外肝包虫囊肿后方可实施。应严格无菌技术，避免囊内出血及脓肿形成。
2.囊肿摘除术
容易剥离的单发性囊肿可采用此种手术，治疗较彻底。
3.囊肿“开窗”术
用于囊肿位于肝的浅层且无感染或胆管与囊肿无交通的情况。切除部分囊肿顶壁（即“开窗”），吸净囊液，使囊腔向腹腔内开放。若囊肿并发感染或囊内有陈旧性出血时，开窗后清理囊腔，并将部分带蒂大网膜填塞囊腔，腹腔内“烟卷”引流。若囊液染有胆汁时，清理囊腔，确定无继续漏胆后，按上述方法行大网膜堵塞囊腔。
4.囊肿内引流术
用于囊腔内有溢漏胆汁又不易找出胆管开口或囊壁较坚厚及感染严重的囊肿。
5.非典型肝部分切除并用囊肿“开窗”术
弥漫性肝囊肿某一叶囊肿密集、压迫致使该叶肝实质明显萎缩，可行非典型部分切除术，而其余肝囊肿并用“开窗”术。
6.囊肿外引流术
囊肿感染而又不易耐受其它较复杂手术时，可行暂时性外引流术，但易形成长期不愈的外瘘，往往需二期手术。