膈下脓肿一旦形成，可出现明显的全身及局部症状。
1.全身症状
发热，初为弛张热，脓肿形成以后持续高热，也可为中等程度的持续发热。脉率增快，舌苔厚腻。逐渐出现乏力、衰弱、盗汗、厌食、消瘦、白细胞计数升高、中性粒细胞比例增加。
2.局部症状
脓肿部位可有持续钝痛，深呼吸时加重。疼痛常位于近中线的肋缘下或剑突下。脓肿位于肝下靠后方可有肾区痛，有时可牵涉到肩、颈部。脓肿刺激膈肌可引起呃逆。膈下感染可通过淋巴系统引起胸膜、肺反应，出现胸水、咳嗽、胸痛。脓肿穿破到胸腔发生脓胸。近年由于大量应用抗生素，局部症状多不典型。严重时出现局部皮肤凹陷性水肿，皮肤温度升高。
患侧胸部下方呼吸音减弱或消失。右膈下脓肿可使肝浊音界扩大。约有10％-25％的脓腔内含有气体。