临床肺移植的进一步发展存在多方面的巨大挑战：供体的短缺、等待中的死亡率高、再灌注损伤、急性排斥、感染和BOS.
1、供体短缺和等待中的死亡率
在美国大多数肺移植中心，登记等待肺移植的时间是18-24个月。最近的的资料显示等待肺移植的病人中有16%的病人在等待供体过程期间死亡，而肝移植和肾移植分别是12%和7%.肺最大的保存时间仍是未知的，多伦多肺移植组报告供体肺质量较好时肺冷缺血时间已达到12小时，在世界上许多大的肺移植中心远距离获取、其它移植组获取供体和边缘肺供体均已应用，且远距离获取和其它组获取的1年和5年生存率没有不同。对单肺移植受体一般不使用边缘性肺供体，而在双肺移植时可毫不迟疑的使用边缘肺，尤其是肺气肿的病人。
2、缺血再灌注损伤
在临床上大约15%的肺移植受体发生严重的缺血再灌注损伤（I/RI）。I/RI以非心源性肺水肿为典型表现，发生于肺移植的12小时内。它是早期死亡和长期ICU的最常见原因。发生I/RI的病人采用保护性呼吸机支持、积极利尿和吸入NO等。在紧急性情况下可用ECMO.美国华盛顿B-J医院在12个病人中应用ECMO，存活了7例，7例病人均是在不可逆的肺损伤发生前、移植后24小时内开始使用ECMO的。
3、急性排斥
尽管肺移植免疫抑制的剂量和药物浓度水平均超过了其它的实质性器官移植的水平，经活检证实肺移植后的一年急性排斥反应发生率仍高达80%.急性排斥反应诊断的金标准是多处支气管活检获得的肺实质的组织学检测。急性排斥的病理学特征是血管周围淋巴细胞浸润。纤支镜活检已证实是有效而安全的。在移植后2周可常规行纤支镜检查，并在术后1、2、3、6、12个月时复检，在对急性排斥治疗后2周复检纤支镜以评估治疗效果。
急性排斥反应的治疗是基于病情的严重程度、复发和病人的状态。典型的处理是前三天经静脉给予甲强龙（20mg/kg），以后调整到维持剂量。淋巴细胞单抗（如，ATGAM，OKT3）治疗用于复发和顽固性排斥。
4.感染
在移植后的早期细菌感染是最常见并且是这期间死亡的主要原因。最常累及的器官是那些移植的供体。在成人肺移植中因感染占死亡原因的25%，而活体肺叶移植感染占死亡原因的53.4%.
巨细胞病毒性（CMV）疾病是最常见的术后感染性并发症，报告移植病人的感染率是13-15％，受体CMV阴性而供体CMV阳性的肺移植发生感染的危险性最高，而在受体和供体均为阴性的移植通常见不到。对严重威胁生命的高危病人使用预防性治疗，常规每天静脉给予更昔洛韦（5mg/kg）12周预防，通常移植后7-14天开始。
真菌感染可发生于移植后的早期和晚期。白色念珠菌是常在移植后单独出现并且通常表现为局部和全身性的感染。对单肺移植的病人自体肺存在曲霉菌，念珠菌感染能用系统性和吸入两性霉素和大氟康结合治疗。对所有真菌感染都需要长期持续治疗。
5、慢性移植体失功和细支气管阻塞综合征（BOS）
慢性移植体失功是组织学上以细支气管阻塞特征的临床病理综合症。临床表现为移植后3个月或更长时间排除支气管肺感染原因出现的进行性严重呼吸困难。临床上急性排斥反应的发病率和CMV肺炎呈正相关，也和医学教|育网搜集整理BOS的发展呈正相关。供体年龄增加和缺血时间的增加均和BOS的发展呈正相关。
肺移植1、3、5年的无BOS分别是85%、65%、47%.BOS是成人肺移植的主要死亡原因。在生存超过1年后，80%以上的死亡是肺的原因引起的，其中30%是由于支气管阻塞，许多病人不能从肺感染中恢复是由于严重的气道阻塞，或是和治疗BOS相关的免疫抑制的结果，对BOS治疗的限制正在改变免疫抑制药物的选择。BOS是免疫介导过程的积累，是由慢性排斥反应引起的。已证实HLA-Ⅰ抗体的存在可预示BOS的进展。进一步的研究发现这一抗体的存在早于BOS的进展，所以有目的的进行早期干预，提高免疫耐受是减轻慢性排斥的最有前景的方法。