职能式组织结构的优点
（1）项目团队中各成员无后顾之忧。
（2）各职能部门可以在本部门工作与项目工作任务的平衡中去安排力量，当项目团队中的某一成员因故不能参加时，其所在的职能部门可以重新安排人员予以补充。
（3）当项目全部由某一职能部门负责时，在项目的人员管理与使用上变得更为简单，使之具有更大的灵活性。
（4）项目团队的成员有同一部门的专业人员作技术支撑，有利于项目的专业技术问题的解决。
（5）有利于公司项目发展与管理的连续性。
项目式组织结构的缺点
（1）容易出现配置重复，资源浪费的问题。
（2）项目组织成为一个相对封闭的组织，公司的管理与对策在项目管理组织中贯彻可能遇到阻碍。
（3）项目团队与公司之间的沟通基本上依靠项目经理，容易出现沟通不够，和交流不充分的问题。
（4）项目团队成员在项目后期没有归属感。
（5）由于项目管理组织的独立性，使项目组织产生小团体的观念，在人力资源与物资资源上出现“屯积”的思想，造成资源浪费；同时，各职能部门考虑其相对独立性，对其资源的支持会有所保留。
矩阵式组织结构的优点
很明显，矩阵式项目组织结构具备了职能式组织结构和部分项目式组织结构的优点：
（1）团队的工作目标与任务比较明确，有专人负责项目的工作。
（2）团队成员无后顾之忧。项目工作结束时，不必为将来的工作分心。
（3）各职能部门可根据自己部门的资源与任务情况来调整、安排资源力量，提高资源利用率。
（4）提高了工作效率与反应速度，相对职能式结构来说，减少了工作层次与决策环节。
（5）相对项目式组织结构来说，可在一定程度上避免资源的屯积与浪费。
（6）在强矩阵式模式中，由于项目经理来自于公司的项目管理部门，可使项目运行符合公司的有关规定，不易出现矛盾。