1、评价机构的管理：
(1)环评文件的编制主持：(《资质管理办法》第21条)
评价机构所主持编制的环境影响报告书和特殊项目环境影响报告表须由登记于该机构的相应类别的环境影响评价工程师主持;一般项目环境影响报告表须由登记于该机构的环境影响评价工程师主持。
环境影响报告书的各章节和环境影响报告表的各专题应当由本机构的环境影响评价专职技术人员主持。
评价机构应当坚持公正、科学、诚信的工作原则，遵守职业道德，讲求专业信誉，对相关社会责任负责，不得违反国家法律、法规、政策及有关管理要求承担环境影响评价工作，不得无任何正当理由拒绝承担环境影响评价工作。(《资质管理办法》第25条)
(2)环评文件形式要求：
环境影响报告书和环境影响报告表中应当附编制人员名单表，列出主持该项目及各章节、各专题的环境影响评价专职技术人员的姓名、环境影响评价工程师登记证或环境影响评价岗位证书编号，并附主持该项目的环境影响评价工程师登记证复印件。编制人员应当在名单表中签字，并承担相应责任。(《资质管理办法》第22条)
环境影响评价工程师登记证中的评价机构名称与其环境影响评价岗位证书中的评价机构名称应当一致。(《资质管理办法》第23条)(表明环境影响评价工程师有“两证”)
评价机构主持编制的环境影响报告书或环境影响报告表，必须附有按原样边长三分之一缩印的资质证书正本缩印件。缩印件上应当注明所承担项目的名称及环境影响评价文件类型，并加盖评价机构印章和法定代表人名章。(《资质管理办法》第24条)
评价机构在环境影响评价工作中，应当执行国家规定的收费标准。(《资质管理办法》第26条)
(3)评价机构变更及资质换领：
评价机构的经济类型、法定代表人、工作场所和环境影响评价专职技术人员等基本情况发生变化的，应当及时报国家环境保护总局备案。
评价机构在领取新的资质证书时，应当将原资质证书交回国家环境保护总局。
遗失资质证书的，应当在国家环境保护总局指定的公众媒体上声明作废后申请补发。