扁桃体隐窝内细菌和毒素可形成病灶感染，发生变态反应，产生各种并发症，如风湿性关节炎、风湿热、心脏病、急性肾炎等。
儿童扁桃体及增殖体肥大可能引起慢性上呼吸道梗阻，影响儿童发育，以及面容改变，胸骨畸形，还可导致肺心病，甚至左心衰竭。