（一）肺的呼吸功能人体组织细胞不断新陈代谢，代谢所消耗的氧随时从外环境中吸收，氧化代谢所产生的二氧化碳则排出体外。吸入氧气、排出二氧化碳，称为气体交换，是肺最重要的功能。呼吸生理十分复杂，包括肺容量、通气、换气、呼吸动力、血液运输和呼吸调节等过程，具体见相关章节。
（二）呼吸系统的防御功能以肺所具有的解剖学特点来看，一是因呼吸与外界的大气相通，大气污染和感染因子可直接侵入；二是经血液循环受机体内部有害物质的侵害。对这些不利因子的威胁，呼吸系统在物理、生物、神经、免疫和生化等方面发挥防御功能。
1.气道的防御机制①气道物理学的防御机制是通过对致病因子的沉积、滞留和气道粘液一纤毛的消除作用完成的；②同肠道内的正常菌群一样，上呼吸道的正常菌群对机体来说也是一种防御机制，属于生物学的防御；③神经学的防御机制主要是有害因子刺激鼻粘膜、喉及气管时产生的鼻一气管反射、鼻一肺反射、喉反射和咳嗽反射等完成，以清除致病物质。
2.气道一肺泡的免疫防御机制此领域的免疫系统由以下部分构成：①分化程度较高的淋巴结；②主要分布在中心气道分支部粘膜下的淋巴滤泡即支气管相关淋巴样组织；③广泛分布于气道上皮、血管、肺泡间质、胸膜等处分化程度较低的淋巴样集合体；④局限在气道一肺泡腔的淋巴细胞。在有害因子的刺激下，上述免疫系统可通过细胞免疫和体液免疫发挥防御作用。
3.肺泡的防御机制①用支气管肺泡灌洗的方法观察到巨噬细胞大量存在于肺泡中，这种肺泡巨噬细胞在肺泡领域的机体防御中起主导作用；②研究表明，肺泡表面活性物质有增强防御功能的作用。
（三）肺的代谢功能肺在主司呼吸功能的同时，还对肺内生理活性物质、脂质及蛋白质、构成肺组织结构的结绵组织、活性氧等物质有代谢作用。某些肺组织病理变化时能引起肺循环的代谢异常，甚而导致原来的肺病进一步恶化，或者由于肺病变引起流人体循环的生理活性物质的量和质的变化，从而引起全身性疾病或出现临床异常表现。相反，也可由某种代谢异常引起肺病变，如a，～抗胰蛋白酶缺乏引起的肺气肿，表面活性物质缺陷引起的婴儿呼吸窘迫综合征等。胶原质和量的代谢异常则是发生肺纤维化的重要病理生理基础。
（四）肺的神经内分泌功能肺组织内散在地存在着一种特殊类型的具有神经一内分泌功能的细胞。它们起源于胚胎期前肠膨出部的外胚层部分，与肠道上皮的嗜银细胞（kutchitsky细胞）很相似，因此叫做K细胞或神经内分泌细胞。在临床上，起源于该种细胞的恶性或良性肿瘤具有胺前体摄取和脱羧基化生物学作用，常表现"异位"神经一内分泌功能，诸如皮质醇增多症、肥大性骨关节病、ADH分泌过多症、成年男性乳腺增生等。