对于城中村的改造，在传统的思维模式之下，一直无法突破以“硬”改为主、忽视“软”改的基本模式，存在着很多弊病：
1 加大了城市居民购房难度，加大了中国的贫富差距。随着城中村的改造，城市中的低级住宅逐步消失，很多高档住宅拔地而起，各大城市的房价也在逐步飙升，普通老百姓买房的困难程度逐步加深。
2 助长了政府的形象工程。由于主客观原因，很多地方政府把城中村的改造当成政绩工程，很难考虑城中村居民的切身利益。
3 城中村居民的生存成了问题。大量的城中村居民在失去土地之后依靠出租房屋来获得经济收入，改制后虽然可以使得这部分居民获得市民的身份，但是很多的城中村居民失去了经济来源，这也是近年来“钉子户”频繁曝出的最重要原因。