政府方面监管不力。由于有关政府部门对建设项目的投资监管不力，使得建设项目巨大的资金缺口和工程款无法支付的风险通过垫资施工的方式由建设单位转嫁给了施工单位。此外，工程所在地政府出于地方保护的原因会干扰和阻挠承包方索要工程款，这便使得施工单位很难通过在工程所在地进行仲裁或诉讼获取工程款（包括垫资款）。
建设单位本身的支付能力及商业风险。建设开发单位用于项目建设的资金通常大部分来自银行贷款和在建房地产项目的预售所得的房款。但如果建设单位将贷款及售房款等挪作他用，或者遭遇房地产项目无法顺利预售和销售的商业风险时，施工单位在建项目的工程款便无从落实。
施工合同条款设计存在不利于施工方的缺陷。为了能承揽到建设项目，施工企业往往压低自己的中标和承包条件。其中除了最普遍的附加垫资施工的承诺外，同时也会在合同条款上作出诸多对自己极为不利的让步，如，没有要求发包方提供工程款履约担保，承诺的垫资期间过长等，这些约定都大大增加了承包方垫资款无法收回的风险。
行使工程款优先权存在一定的阻碍。1999年颁布的《合同法》第286条及最高人民法院对该条作出的司法解释明确了承包人对工程价款的优先权。但施工企业在行使优权过程中却遇到了一定的法律障碍，主要是：
优先权不得对抗一定条件下作为消费者的买受人。最高人民法院关于《合同法》第286条的司法解释第2条规定，消费者交付购买商品房的全部或者大部分款项后，承包人就该商品房享有的工程价款优先受偿权不得对抗买受人。由此，即使没有办理房产过户手续，在对发包人开发的工程项目进行拍卖后，承包人的工程价款也必须在消费者的购房款得以受偿后方可受偿。
垫资款是否享有优先权尚存在争议。从最高人民法院关于《合同法》第286条的司法解释第3条的规定来看，享有优先权的垫资款应仅限于已实际用于工程建设即已物化到建设工程中去的部分。故未实际用于工程建设的垫资款原则上不应享有优先权。而有些人甚至主张垫资款一律不享有优先权。