电子商务可以节约店面成本和库存成本，同时也新增了许多传统商务所没有的成本，比如软硬件配置、学习和使用成本。这些成本可以归为可量化的显性成本。但是还有一些无形的成本也需要进行分析，如信息评估成本、客服成本、法律成本等等。
2003年中国的B2C电子商务取得了长足的进步。2003年12 月24日卓越网订单数达到13224单，当当的销售增长最高达到了日常的150%，而作为国内最大IT数码网上商城的搜易得，单日成交额也达到500万人民币。这些数字看起来无不令人欣喜。然而在欣喜之余，人们又不得不正视一个现实——电子商务的市场仍然十分有限。根据CNNIC的数据显示，如今的中国电子商务市场拥有近3000万的消费群体，这个数字相对于庞大的中国市场来说实在是有些尴尬。究竟是什么影响和制约了电子商务的“魅力”？
成本是传统商务和电子商务都必须考虑的首要问题。一个大型的百货商场一年仅水电费的支出就要上千万，而一个虚拟店则可以帮经营者节省这笔庞大的店面成本和库存费用，所以虚拟商店会比实体商店更有竞争优势。这个推论是正确的，问题的关键在于：如果网络帮我们节省了店面成本，那么是不是有什么成本是原先所没有，而是随着网站的建置而新增加出来的呢？否则，天下怎么会有这种免费的午餐可吃。正是这些无形的成本增加制约了电子商务。
信息评估成本
消费者在购物之前，需要搜寻商品的各种资料，并且从这些资料中提取最合适的信息。这些商家和商品的信息无论是经报章杂志、亲友推荐，还是自己挨家挨户的找寻，都必须付出信息搜寻成本。在互联网上寻找合适的商家与商品，消费者只需通过门户网站的搜索引擎、分类目录或者是互联网商店的搜索引擎、商品目录，就可找到所需的商店与商品。甚至有智能代理型网站可以帮助消费者搜寻并比价，使得消费者买到价廉物美的商品。如CNET将搜寻器与寻找网络最低价相结合，或是像网擎提供的息代理人的服务，可以将所需信息寄回消费者的电子邮件信箱；有些网站则提供专家、网友的评比作为使用者参考的依据，如中关村在线。这些丰富的信息大幅度降低了消费者搜寻交易对象与交易商品的信息搜寻成本。
进行电子商务交易时，由于交易双方不见面，导致直接的信息交流减少，交易双方对对方诚信的评估成本大大增加。因此，电子商务减少了信息搜寻成本，却大大增加了信息真伪评估成本。
传统交易中消费者都有亲身的购物体验，直接接触到商品信息，商品是经过自己的检验才带回家的，而在虚拟商店只能看到商品的三维微缩图以及商家的介绍。有的商品甚至连图片都没有。消费者较难判断商品信息是否真实，性能和质量是否和商家提供的一致。与此同时，商家也要判定消费者提供的个人资料是否真实。由于信息系统的互联互通及信息的共享还存在一些障碍，导致利用假身份证开设银行储蓄账户和信用卡的事件层出不穷，恶意透支事件也屡禁不止。因此在电子商务交易中为了确认交易对方的身份和信用，交易者不得不通过多种其他渠道来了解交易对手，从而致使交易的成本加大。
签约过程中的安全成本
信息采集和分析完成以后消费者将要和中意的商家签订合约。网上购物需要的签约成本比传统的交易方式明显降低。买家只要通过鼠标点击所选购的商品并选填个人基本数据，并确认交易的产品和数量以后，就完成了网上的订购程序和购买程序。这就是所谓“鼠标上的购物车”。而另一项签约成本优势则表现在议价行为中，因为互联网上消费者进行比价的信息成本很低，使得商家不易对消费者进行价格歧视，进而降低消费者互联网购物的议价成本。
签约以后遇到主要问题是诚信和安全问题。电子商务所独具的远程性，记录的可更改性，主体的复杂性等特征，使交易安全问题尤为突出，
1.消费者较难判断虚拟商店是否诚实交易。没有权威的机构对电子商务交易提供保障机制，因此购买者担心付款后不能收到商品甚至担心虚拟商店是否假冒的机构。而商家则考虑用户提交订单后不能付款，或不道德的人恶意开出虚假订单使商家蒙受损失。美国最大的C2C网站eBay有自己完善的信用体制——信用评级星，即使是这样，在其全球25000件交易中就会有1起诈骗案件。
有鉴于此，美国某些厂商在互联网上成立安全交易网站，例如，SecureOnline试图以客观的评鉴标准，替消费者选择优质网站，并贴上"安全认证标章"；Paysafe设置了互联网"安全交易柜台"，提供参与买卖的会员双方历史交易的信用状况，作为买卖前参考的依据；Buysafe创立的"互联网安全履约保证"，提出资金流、物流解决方案，只要买卖双方都是会员，权益便会获得保障。尽管中国的电子商务也存在着第三方的认证，但却是由政府相关机构承担的，例如各地的通信管理局要对经营性网站进行各种备案，ICP证书就是对网站信用的认证，而北京市工商局开发的红盾315对经营性网站的进行登记也是一种对电子商务交易的保障机制。
2.信息传输的安全与隐密性很难保障。互联网上的买卖是透过互联网传输信息，达成彼此对交易条件的共识。虽然使得交易更方便，但是若互联网上的信息传输安全性不足，可能造成个人数据被窃取、滥用、或信用卡被盗用，使得消费者对互联网交易持怀疑态度。针对互联网上信息传输不够安全的致命伤，市场上发展出SSL(Secure Socket Layer)与SET(Secure Electronic Transaction)两大机制为互联网上的交易安全把关。SSL机制主要用于商业网站，SET机制主要用于银行。但是这两个机制在我国的普及率很低，像当当、易趣、新浪商城这些大的电子商务网站都没采用任何加密机制，交易的安全性隐患依然很大。
3.消费者的隐私保护机制不健全。互联网技术虽然可以提高数据的安全性，但厂商也可用来获取更多消费者的信息，因而可能造成侵犯消费者隐私权现象的发生。我国还没对隐私保护产生足够的重视，大量客户信息的流失和扩散正在威胁着电子商务的健康发展。
所以，由于在电子商务交易的签约过程中缺乏一系列的措施来保障交易的安全性和信息的隐秘性，使得消费者在交易过程中的风险增大，签约成本增加，打击了消费者参与电子商务交易的积极性。
签约以后的成本
在签订了合约以后，交易并没有结束，还有履约和售后服务环节。这个过程同样也存在着成本的增加。
1．消费者的验货成本。签订合约后，消费者最关心的是商品能否准时和完整地送达，这也就是使用者的验货成本。数字化的产品(计算机软件、电子报刊和MP3音乐等)可以直接通过互联网传输到消费者那里，不过实体形式的商品依然要通过传统物流业将商品送交消费者。到目前为止，互联网商店提供给消费者取货的方式与传统的邮购并无大差异，消费者上网购物，要等到商品寄到手时才能确认商品是否所需、商品是否完好无损。若商家未提供换货、退货或退款的保证，为避免买到不实商品、劣质品或损坏的商品，即使商家提供较低廉的价格，消费者仍宁愿不上网消费。考试大编辑整理
为了让消费者减小验货成本，必须有一个保证机制使消费者相信他们的利益可以得到保障。比如AMAZON提供7至10天的验货期，在验货期，购买者付出的货款不划拨到卖者的帐户上，而是放在第三者帐户上(通常是电子商务网站)，若商品不满意，商家保证退货、换货或退款，使得消费者所承担的商品不确定性的风险改由厂商承担，进而降低消费者的验货成本。在我国还没有形成这样的第三方保证机制，往往由商家承诺保证退换货，但是由于对商家信用的认定本来就存在很高的成本，商家保证退换货的承诺很难被消费者相信。因此送货、取货与验货的成本几乎完全取决于递送、运输产业的经营效率。我国的运输系统的运输能力和效率提高缓慢，物流产业依然发育不良，因此在降低消费者的验货成本上没有很大的作为。
2．商家的客服成本。因为没有实体的店面，所以在线交易的信赖感较低。当客户提出问题的时候，在实体的店面总是可以找到一个什么人来问，交易的时候在柜台一手交钱一手交货，总是可以找到人来负责。比如，消费者对网站的信息不是十分明白的时候，就希望通过什么方式咨询一下。而且通过网络的购物方式处处充满了不信任感，如果刷信用卡的时候画面出现错误，消费者可能吓坏了以为信用卡已经被扣款；或者网站画面流程规划不清，消费者弄了半天不知道到底结帐没；还有货物到底什么时候送到，这些问题的解决都需要更加完善的客服系统。
虚拟市场主要存在两种客服方式：电话客服及网络客服。根据Forrester Research研究显示，有超过70%的顾客主要使用电话来获得他们想要的答案及协助，而有30%的顾客会透过网络上的Self Service方式来获得答案。 根据Garner Group研究显示，实际回复电话的成本为$5.50，其中最大的部分是人事开销(67%)，其次为网络（Network）成本(18%)，再来才是设备（ Equipment）成本(8%)和工具（Facilities）(7%)。而使用网络客服的成本仅为$0.24。因此，如果虚拟商店的网站功能设计得非常人性化，就能使得顾客愿意使用网络咨询代替电话，例如AMAZON的网站功能的设计就让消费者感到十分贴心，从而成功地减少了消费者打电话的频率。
针对客服成本的有效控制及管理，有越来越多的Fortune 500大企业，如联合航空、通用汽车等，开始采用先进的客服系统，如交互式语音辨识回复系统(Voice Recognition, IVR)来替代电话咨询的庞大成本，也同时满足了70%顾客目前使用电话咨询服务的需求；而对于30%使用网络的顾客，各大企业则精确地计算客服人员的排班机制，以便更有效利用昂贵的客服中心投资设备。
3．交易安全的法律成本。除了前述签约过程中的安全考虑之外，签约后交易双方都面临对方毁约的风险。合同的执行是依赖法律规范，然而法律规范的制定与形成通常无法赶上互联网技术的快速发展。虽然电子商务网站为交易需要，推出了种种能够降低履行合同成本的措施，但是互联网交易的履行结果最终还是要靠制度环境里的社会规范配合有效的执法才能确保。由于我国的社会制度尚未成熟到足以吸纳网络经济的冲击并形成创新机制，来应付科技进步所带来的新的交易成本，从而导致电子商务交易处于一种高风险的状况。 电子商务法律的建立可以有效地减少交易纠纷，使得电子商务交易的法律成本在一定程度上得到降低。2003年2月《广东省电子交易条例》在该省行政区域内正式实施，标志着中国内地第一部真正意义上的电子商务立法。主要内容是确立电子签名的法律地位。规范认证机构的管理和规范电子交易服务商的管理，等等。