一、跨国电子商务活动和传统税收管辖权的冲突
国家税收管辖权是一国政府所主张的对一定范围内的人或对象进行课税的权力，是国家主权在税收方面的体现。国家税收管辖权是国际税法的核心问题，划分清楚国家税收管辖权是国际税法发挥作用的基础和基本功能之一。
电子商务的出现，以其降低成本、缩短生产周期、连续运营的优点大大提高了商业活动的经济效益，但其打破了传统的地域之隔，大大加剧了跨地区、跨国界的交易行为，商业贸易已不再存在地理界限，但是税收还必须由特定的国家主体来征收，这就使得国家税收管辖权变得难于确定。
税收管辖权主要有居民管辖权和收入管辖权。居民税收管辖权是征税国基于纳税人与征税国存在着居民身份关系的法律事实而主张行使的征税权。
1.同居民管辖权的冲突
税人居民身份的认定，是一国行使征税权的前提。自然人居民身份认定，从各国立法看主要有住所标准，居所标准，居住时间标准。在传统贸易形式下，由于贸易活动离不开具体的人在具体的时间、地点的行为，所以可以依靠这些在贸易活动中必不可少的、能够直观衡量的因素作为确定自然人居民身份的标准和依据。但是在电子商务条件下，虚拟的网络空间中不存在住所或居所的概念，居住时间也没有衡量依据。科技的技术性使居民税收管辖权原则下的居民认定不能获得令人满意的结果，所以在电子商务中，自然人居民身份以何种标准确定却是很难确定的。
在各国税法实践中，对于法人居民身份的确认标准主要有法人注册地标准、总机构所在地标准、实际管理和控制中心标准等,但这些标准在电子商务环境下也受到了挑战。
这些标准都以法人有形存在为前提。只有存在有形机构，才能确定该机构所在的位置，进而确定法人的居民身份。但在电子商务下，有形机构存在不再是必不可少的条件。
在过去召开董事会会议或股东大会的场所及决策会议中心是认定法人实际管理控制中心的重要标志。而借助互联网和现代信息通讯技术，法人的成员，如董事、股东、经理虽然相隔万里，仍可随时进行沟通。
2.同收入管辖权的冲突
在电子商务中，更多涉及的是在线买卖，销售商通常在自己拥有的服务器上建立并保持自己的网址，而无须在某一个国家注册登记，从事网上交易。有时候电子商务网站同时需要几台服务器共同操作，这样，在确定国家的税收收入管辖权上也出现了麻烦。
二、我国在跨国电子商务中应当遵循的税收原则
中国电子商务最近几年以平均年增长率40%的速度迅速发展，淘宝、易趣等电子商务网站成为网友购物的重要场所，支付宝、贝宝等网络中间支付工具的产生也极大地促进了了电子商务的发展。中国电子商务正由起步迈入繁荣阶段。
但是我国电子商务起步较晚而对电子商务发展的新问题，特别是面对电子商务现行国际税收安排等所提出的挑战，我们必需通过加强研究来弄清情况，掌握国际电子商务的最新动态和发展趋势，遵守以下规则不断推进我国电子商务的发展进程。
1.维护国家税收主权和国家利益的原则
税收是国家主权的重要组成部分，具有类似国家主权的独立性和排他性，它是通过国家对税收管辖权的确定来体现的。在制定我国的跨国电子商务税收法律时，就一定要从维护我国税收主权和税收利益的立场出发，不受任何外来干涉地研究和制定适合中国社会发展的规则体系。促进跨国电子商务公平合理的税收权益分配秩序的形成，在新技术发展中为自己争取更多的权益。
2.坚持税收中性的原则
税收是一种分配方式，也是一种资源配置方式。国家征税是将社会资源从纳税人转向政府部门，在这个转移过程中，除了会给纳税人造成相当于纳税税款的负担以外，还可能对纳税人和社会带来超额负担。这种负担体现在两个方面，一是政府纳税后产生的社会效益小于给纳税人的税收负担，二是由于纳税改变了商品的价格，如增值税的实质就是把税金转嫁到了消费者的头上，从而给整个社会的经济运行和资源配置效率带来负面影响。所谓税收中性的含义就是要避免以上现象的产生。落实到电子商务税收上来就是税收的实施不应对电子商务的发展有阻碍作用。
3.税收公平和效率原则
税收公平原则要求条件相同者缴纳相同的税，条件不同者缴纳不同的税。电子商务作为一种新型的贸易方式，只是一种数字化的产品和服务，虽然交易的方式和平台发生了变化，但是交易的本质并未改变，所以对传统的交易和电子商务应保持相同的税负。
与此同时，在制定电子商务税收法律的过程中，要在保持现有法律规则的基础上进行修改，减少法律制定的成本，提高税收的行政效率。
4.加强国际税收合作、注意国际协调
跨国电子商务具有全球性、高流动性、高隐匿性的特点。跨国纳税人可在多个国家设立服务器，因此将出现双重或多重征税问题。所以世界各国应该加强彼此的合作和协调，国际组织也要加快制定有关跨国电子商务方面的税收政策。
三、我国对跨国电子商务行使税收管辖权的对策及建议
1.短期上采取免税政策
在短期内采取免税的政策，这主要基于以下两个原因，一是根据德国经济学家李斯特的理论，对于有发展潜力的，但仍属于起步发展的产业，政府应该采取保护的政策。目前我国的电子商务还是新兴的产业，孕育着巨大的商业前景，但目前仍很脆弱，市场需要培育,任何税收都可能会延缓电子商务的发展，使整体经济的发展付出更高的成本。二是目前我国政府的征管手段和技术手段还不足以对电子商务进行有效的管理。
但是免税不代表坐视不理，针对现状政府更应该密切关注电子商务的发展，在时机成熟时立即出台符合我国电子商务发展的相关政策。人员储备方面，对税务人员应进行大规模的电子商务及相关知识的普及培训，还应吸纳一些这方面的人才充实到税务机关来，建立一支能适应网上贸易与服务要求的专门队伍。技术储备方面，研发高水平的电子商务的税收征管软件以及相应的硬件，提高税务机构的征管水平，建立适应电子商务的税收征管体系。
2.长期上必须制定有效的税收政策
相对于发达国家而言，由于我国的信息产业和技术基础长期一直处于落后和薄弱阶段，在目前和今后相当长的一个时期内仍将实际处于电子商务净进口国的地位。因此，从长期来看，在跨国电子商务所得的国际税收分配问题上，应一直坚持强调电子商务净进口国的收入来源地税收管辖权，这是我们制定税收政策的基本的出发点。具体来说，我们应该突破传统的以非居民在境内具有某种固定的或有形的物理存在，作为行使来源地税收管辖权前提的观念，寻求在电子商务条件下反映经济交易联系和营业实质的来源地课税连结因素。
现行国际税收制度中采用的常设机构是适应传统的商业交易形式下确定来源国对非居民的跨国所得行使课税权的需要和合理性而形成发展起来的。在跨国电子商业交易方式下，由于这类固定的、有形的物理标志已失去存在的价值，非居民与来源国的经常性和实质性的经济联系应该从其在来源国境内开设的网址所具有的功能作用，以及非居民通过这种网址实际从事的活动性质、交易的数量规模以及时间等因素综合来判断。因此，为适应今后跨国电子商务交易不断增长的国际经济形势下维护我国对非居民来源于境内所得的征税权益需要，应该可以引进类似“虚拟常设机构”的概念以适应跨国电子商务。虚拟常设机构是指不以有形的固定营业场所作为行使来源地征税权的充要条件，而是只要跨国纳税人利用互联网、数字技术和电子工具在来源国境内进行意义重大的持续性生产经营活动，与来源国主权产生紧密有效的经济联系，则可以认定其设有虚拟常设机构，所取得的营业利润应该受来源地征税权管辖。
3.积极应对，参与国际税收规则的谈判
我国要积极参与到规则的研讨和制定工作中，不能只做比赛规则的遵守者，要当比赛的裁判和监督，这样才能更好的维护国家的利益。
目前很多西方国家正在向全球极力地推崇其电子商务政策，并且在国内外到处游说，试图获得更多的支持。如果该国的建议被国际社会广泛采纳，则意味着在电子商务中分到更多的税收蛋糕，而其他国家的国家利益就会受损。因此，我们不能等闲视之，听命于发达国家制定关于电子商务国际税收的“游戏规则”。