在百联成立前，一百、联华、华联都属于商委，而物资集团则隶属于经委，业界一致认为百联之所以把物资集团这个“外人”拉上，正是为了拥有一个可以自由支配的第三方物流系统。物资集团的雄厚物流实力再加上一百、友谊、华联原有的物流配送体系，百联物流系统的规模在国内绝对是个“巨无霸”。
有政府高层人士认为，未来百联的新物流集团将以物资集团为主，充分利用其仓储、网络、运输优势，整合其他三大集团原来各自的物流渠道，成为一家同时面向百联集团和市场的大型物流集团。
但百联物流的重组并非如此简单，首先不同业态的物流配送要求并不一样，百联物流原先的用途主要是超市，而物资集团原先的优势是生产资料；虽然物资集团加上三大物流集团的采购能力相当惊人，但是第三方物流系统却并不只是大规模采购那么简单。新的第三方物流集团一开始就拥有三家固定客户，这虽然是一大优势，但如果配送不当也有可能产生矛盾。还有新的物流集团应如何妥善处理三大商业集团与物资集团原有客户关系等问题。
据悉，百联正在请麦肯锡咨询公司这个“军师”出谋划策，而百联重组后的物资集团这一块令“军师”也有些头痛。不单单是麦肯锡，也有专家学者大呼看不懂——上海市人民政府特聘决策咨询研究专家杨建文就毫不掩饰脸上的难色，“物流这一块是个大问题。百货业是生活资料，物资集团(先前)一直面向生产资料。不同的业态决定了很多不同：存贮用的仓库、运输用的车辆、配送的流程等，怎么并?”但他同时也肯定了物资集团的顽强生命力，“从早前物资局时代的分配式配送到面向市场的激烈竞争，还没有死掉……”。
的确，上海物资集团经过近50年的建设和发展，形成了数以万计的商流、物流的客户群体，建立了良好的合作关系；有上千家经营网点，形成了覆盖上海市及各省市的营销网络；还有近几年建成的电子商务网络，初步具备了与现代物流相配套的商流、信息流条件；还有一大批初步具备从事现代物流能力的专业人才。杨建文肯定：如果能够充分利用自身条件，抓住上海欲成为全球现代物流中心的枢纽之一的机会，上海物资集团非常有可能成为优秀的第三方物流企业。
毕博咨询的董事朱农飞博士认为，百联物流要发展，定位很重要：一种情况是只为集团内部服务，作为配送中心降低集团物流成本；另外一种情况是首先建设现代化物流，为未来作为独立的“第三方”物流做准备。如果仅是内部服务还比较好处理，但若想成为独立第三方物流，就“一定要明晰‘物流’与一个集团内部的‘配运中心’的区别”。朱农飞表示，做“物流”一定要有主动设计规划的能力，从而为客户降低成本，所以真正的“物流”是要与集团的CFO接洽，而不是与储运部接触。如果百联物流要想成为独立的一块，那么必须增加投入，才可能创造新的利润点，而“百联是否有这样的精力和实力？”
虽然百联物流的发展面临很多挑战，但朱农飞强调，百联物流还是有很多机会，因为我国目前物流领域大多还是小公司的分散性竞争，常常是“满车去空车回”，跨地区的物流集团并没有，而百联物流的成立将可填补这个市场空缺。在百联成立前，物资集团曾构架过一个“七位一体”的战略发展模式，拟定的战略布局性项目有：南汇国际航运中心物流园区、浦东国际空港物流园区、罗泾港油品储备配送基地、漕泾化工物流基地、西北物流基地、嘉定国际汽车城物流基地以及现代物流营运中心(大厦)等物流项目。
但在百联成立后，原有的计划是否还具备可实施性，值得怀疑。据上海物资集团发展部介绍，目前他们正在配合百联集团物流调研小组开展工作，之前的计划能否继续下去，还是未知数。
相对于百联内生产资料与生活资料整合的“困难”，有专家认为，华联超市和联华超市在物流方面的“合并同类项”倒是种便捷地降低成本的方式。近几年，华联超市和联华超市在物流方面下了很多功夫——2002年6月6日，华联超市投资的上海华联超市物流有限公司正式成立。据了解，华联超市目前在沪、京、宁等地共设有5座现代化管理的相互联网的配送中心，年配送额达到20亿元。而联华超市2002年也投入5000万巨资建立了科技含量与规模均属国内领先之列的物流配送中心，其配送效率可与国外先进水平相媲美。联华以两个总面积仅为5.7万平方米的配送中心满足了1000家门店的配送需求，而配送费率一直控制在2%以下，低于世界著名连锁企业的平均水平。随着百联集团的成立，一旦华联、联华超市顺利整合，百联物流就在物资集团的基础上再加上华联、联华的物流，定能起到拾遗补缺、降低成本的作用。
但目前华联、联华超市的配送中心均在上市公司内，如何在上市公司间公正公开交易、置换；如何顺利解决原有物流重复建设等诸多问题都值得商榷。此外在两大物流基地间，目前均已吸收了一些民间资本，华联物流、联华物流在某种程度上都已实现了MBO，特别是华联物流在去年的增资扩股中，还吸纳了来自台湾的秋雨环球物流的资本。一旦华联物流、联华物流和物资集团进行合并，这些都是需要考虑的问题。
“其实说难也难，说不难也不难”，对于百联集团物流这一块的重重迷雾，朱农飞认为，只要百联能认清自己，在认真分析自身的业务能力、物流人员的素质以及IT系统的状况后，定能由此“找到自己的位置”。