那么，现行企业物流成本管理的主要问题有哪些呢？
首先，物流在企业财务会计制度中没有科目，因而较难对企业生产的物流费用作出明确、全面的计算与分析。
由于企业现有的会计核算制度是按照劳动力和产品分摊企业成本的，所以企业的损益表中无物流成本的直接记录。例如物料运输成本常包括在货物的购入成本或产品的销售成本中；厂内运输成本常记入生产成本；订单处理成本包含在销售费用中；部分存货持有成本可能包含在财务费用中。由于无法完整地统计企业物流成本是多少，使得企业节约物流成本无从下手。
其次，在通常的会计科目中，忽略内部物流费用。
目前，物流成本核算的是企业对外部运输所支付的运输费用或向外部运输仓库支付的商品保管费用等传统的物流费用。对于企业内部的物流基础设施建设和企业利用自己的车辆运输，利用自己的库房保管货物，由自己的工人进行包装，装卸没有列入物流费用科目。因而，从现代物流管理的角度看，企业难以把握准确的物流成本。
先进的国际企业的实践表明，企业向外部支付的物流费用是实行物流成本控制的一小部分，真正的大部分在企业内部。日本的一位物流成本控制计算分析人士提出了"物流费用冰山"说，其含义是：人们对物流费用的总体内容并不掌握，提起物流费用大家只看到了企业支付的外部物流费用。
最后，对物流成本的计算和控制。
各企业分散进行，根据自己的理解和认识把握物流成本，各自为政，使得各企业间无法在物流成本方面进行比较分析，也无法得出行业平均物流成本值。另外，物流部门无法掌握的成本很多。例如，保管费用中过员进货，过员生产，销售或备品在库保管以及紧急运输等产生的费用并未纳入其中，从而增加了物流成本管理的难度。
由于上述原因，使得企业管理人员无法获取企业物流成本的真实数据，也无法对企业物流成本进行有效的控制，无法对物流成本进行分析与管理，物流成本成了被遗忘的角落。
针对这些物流成本管理中的问题，笔者认为降低物流成本，要重视内部物流费用的核算与管理，加强归集、计算和控制，但是仅有这些是远远不够的，还应通过以下途径进行管理，通过效率化的配送来降低物流成本。
企业实现效率化的配送，减少运输次数，提高装载率及合理安排配车计划，选择最佳的运送手段，从而降低配送成本。
利用物流外包降低企业物流成本、降低投资成本。企业把物流外包给专业化的第三方物流公司，可以缩短商品在途时间，减少商品周转过程的费用和损失。有条件的企业还可以采用第三方物流公司直供上线，实现零库存，降低成本。
借助现代化的信息管理系统控制和降低物流成本。在传统的手工管理模式下，企业的成本控制受诸多因素的影响，往往不易也不可能实现各个环节的最优控制。企业采用信息系统管理，一方面可使各种物流作业或业务处理能准确，迅速的进行；另一方面通过信息系统的数据汇总，进行预测分析，可控制物流成本发生的可能性。
加强企业职工的成本管理意识。把降低成本的工作从物流管理部门扩展到企业的各个部门，并从产品开发、生产、销售全周期中，进行物流成本管理，使企业员工具有长期发展的 "战略性成本意识".
积极协训各部门，根据经济原则，结合企业实际情况，努力实现企业物流成本的综合控制。包括事前、事中、事后的控制，实现企业物流总成本的最小化。
这样，企业通过对物流成本的有效管理，可以有效推动物流合理化进程，提高企业的经济效益。进而实现企业价值最大化，使得企业在市场竞争中立于不败之地。