第一，海关发票的填制，重点在于证明原产地和商品的FOB价值，所以，“产地”栏不能漏填。
如果以CIF或者CFR成交的商品，必须正确计算运费及保险费，如果估算过高，将受进口国海关的指责，或者退回重新填写。特别是来证要求提供保险单账单，或将实际运费加注在海运提单上时，海关发票上的保险费和运费金额，必须要和实际上付出的费用一致；
第二，签字时，卖方必须以个人名义签字，要求用手签写，不得以公司名义签章；
第三，在填制海关发票时，如果有错打以及涂改的地方，不能加盖校对章，必须由出票签字人用钢笔加注小签；
第四，海关发票的抬头人一般应填写收货人。如果收货人不在货物的到达港，则应填写到达地被通知人的名称；
第五，海关发票上的金额、数量、毛净重等项目，必须与商业发票、提单上所填写的内容完全一致；
第六，海关发票各栏目都必须填写，无实际内容的可注上“NIL”或者“N/A”（Not Applicable）或打虚线划掉，不能在海关发票上留有空白栏目。
第七，需提供海关发票的国家都有不同的格式，名称也不尽相同，填制时必须根据不同的格式仔细填制。如果格式用错，进口国海关将拒绝接受。
填写各国海关发票时应注意的事项
1.海关发票格式不一，不同国家或地区有其本国或本地区规定的专门格式，来证内一般有规定，切勿用错格式。
2.凡是商业发票上和海关发票上共有的项目和内容，必须与商业发票保持一致，不得相互矛盾。
3.关于海关发票价格构成的填写，海关发票一般均要求列明构成该价格的各项费用，若按CIF价格条件成交，则应分别列明运费，保险费和FOB价格，这三者的总和应与CIF货值相等。此外，尚应列明包装费，打包费，货物运至装运港码头的搬运费等费用。"出口国当地市场价格"以本国人民币表示。但该栏价值应比FOB价格低4￣5%左右，否则会被认为是低价倾销。
4.有些国家的格式有"费用栏"，填写时应尽量填全。如果有"是否包括在国内市场价内"的要求，也应给予表明。如果填"不包括"或"包括"都直接影响"国内市场价"的计算额，应注意计算的正确。
5.关于海关发票的签署，要求以个人名义用手签方式签署的海关发票，则不盖公章；如需要监签人（证明人），也要手签。海关发票的签字人或其他单据的签字人不得作为监签人。海关发票如有涂改，须由原缮制人用钢笔小签，不能加盖校对印章，也不得由监签人代行。
6.海关发票的"原产地"一项应填"中国"字样，切勿漏掉。
7.海关发票是用外文印制的，填写时一般要用相应的外文进行，要求文字简
8.西非海关发票中，有以个人名义签字的，要求填写见证人，签字则该“见证人”不能出现在其他出口单据上，即签字人与见证人是2个独立的身份出现方有效。
加拿大的“Canada Customs Invoice”，自1985年起采用新格式，把过去使用的“出口地市场价值”（Fair Market Value）一栏改为“交易价值”（Transaction Value），并据此计算进口税。对于食品类货物的进口，要提供卫生内容的证明。此外，当货价超过1万美元时，除了要填制海关发票外，一般还需要填写“Form 31”声明书，这种格式的声明书可以事先要求客户寄来。加拿大海关发票要求每项都填写，如果没有相应内容填写，就在该栏中打上“N/A”或者“NIL”。在“Vendor”栏内打上出口公司名称；在“Other Reference”栏内填上合同或订单号；在“Originator”栏内填出口公司负责人姓名。
美国原规定运往美国的价值超过500美元的货物，如果属于从价征收关税的，进口时须向美国海关呈报“5515”格式的海关发票，即“Special Customs Invoice”（简称SCI），现在已经取消，只要求在商业发票上注明FOB价格即可，但来证如果有相关规定的，仍需照办。
当向美国出口棉布、棉涤纶、人造棉布时，还需提供“5519”格式（即Invoice Details for Cotton Fabrics and Liners）的海关发票，这个格式主要用来表示棉纺品的组织结构，因此，有些美国人称其为棉纺织物组织结构单（Cotton Construction Sheet）。其中要填明每平方码盎司重量、平均纱支数、织造方式等，难度较大。如果向美国出口鞋类产品，一般还需要提供“5523”格式的海关发票。
向新西兰出口货物要填制“59A”格式（Certificate of Origin for Export to New Zealand）的海关发票，按照格式上规定的内容填写即可。