从《基金法》的结构和内容来看，其出发点和归宿点都是为了保护基金投资者的合法权益。总则明确了上述立法精神和立法宗旨，接下来的两章规范基金管理人和基金托管人，目的是为了保护基金投资人的合法权益；此后的五章是从基金运作的角度，从基金的募集
开始，中间经过基金份额的交易、基金份额的申购与赎回、基金的运作与信息披露，直至基金合同的变更、终止与基金财产清算，围绕保护基金投资者合法权益这一主题规范相应的各项业务活动及相应的当事人行为；《基金法》用了专门的一章，明确基金份额持有人权利及其行使；并最后通过明确基金监管和法律责任来保障《基金法》的贯彻执行。
确保基金财产的独立性和完整性是保护基金投资者合法权益的基本，这集中体现在《基金法》的第六条、第七条和第八条中。基金财产的运用所取得的财产和收益，归入基金财产而不能归基金管理人或基金托管人所有；基金的财产不属于基金管理人、基金托管人的清算财产；基金财产的债券债务也是独立的，非因基金财产本身承担的债务，不得对基金财产强制执行。基金财产的独立性和完整性，不仅仅是相对基金管理人和基金托管人而言的，同时也是指同一基金管理人管理之下的不同基金、同一托管人托管的不同基金的财产的相互独立性和完整性。因此，基金财产的独立性和完整性是规范基金管理人和基金托管人行为的基础，同时，也是规范基金各项活动的重要标准。
事实上，许多有关基金的具体规章制度，其规范的主要内容就是为了保证基金财产的独立性和完整性，其中最具典型意义的是基金运作中的托管制度。还有，相当多有关基金管理公司的组织结构、基金投资的决策程序和操作流程等方面的规则，都是为保证基金财产的独立性和完整性。大到基金市场，小到基金产品、投资操作，以及基金管理公司和基金托管公司，我们在分析评判其有关的政策、规章制度、组织结构、操作规范的时候，首先的一个标准就是看能不能有效保证基金财产的独立性和完整性。
基金立法和监管应当将保护基金投资者的合法权益放在首位。在处理具体问题的时候，如果遇到法律法规没有明确规定的情况，应当从基金立法的精神和立法的宗旨出发，作出有利于保护投资者合法权益的解释和选择，而不能放任有些当事人损害投资者的合法权益。