因为胰腺炎和急性肾盂肾炎疼痛的部位和性质相似，因此急性肾盂肾炎有时可误诊为胰腺炎。血清淀粉酶升高，尿液检查正常有助于胰腺炎的确诊并可排除急性肾盂肾炎。
基底部肺炎是一种引起肋下疼痛的发热性疾病，但其疼痛有胸膜炎性质，胸部X线检查有异常表现。
有时急性阑尾炎、胆囊炎、憩室炎等急腹症必须与急性肾盂肾炎相鉴别，尽管早期的症状和体征相似，但尿液分析和其他实验室检查有助于鉴别诊断。
女性急性盆腔炎患者须与急性肾盂肾炎相鉴别。体格检查发现有特征性体征和尿液培养阴性提示急性盆腔炎。
在男性患者，急性肾盂肾炎须要与急性前列腺炎、急性附睾睾丸炎相鉴别。
急性肾盂肾炎还须与肾脓肿、肾周围脓肿鉴别。