由于未完全发育成熟的肾脏发生急性肾盂肾炎容易引起瘢痕、肾萎缩和肾功能损害，因此对婴幼儿尿路感染应引起高度重视并给予充分治疗。泌尿系统畸形患儿易发生尿路感染和其他并发症，对此患者，有必要进行彻底的泌尿系检查，并矫正尿路畸形，有发生重新感染倾向的患者，必须小心随访，并长期口服抗生素预防感染。
尽管无尿路畸形或肾脏疾病的成年患者很少因急性肾盂肾炎发生持续性肾损害，但病情亦可很严重甚至死亡。必须仔细评价和消除诱发感染或使病情复杂的不利因素。对有感染迁延或可迅速出现重新感染倾向的患者，须长期使用抗生素治疗。