《建设工程质量管理条例》自发布实施以来，对制止违法建设、规范建设市场秩序、提高工程质量、促进建设市场繁荣起到了重要作用。但是，不能忽视的一个重要问题是，由于该《条例》对违规处罚所依据的“工程合同价款”的规定不明确，给建设行政主管部门的执行带来查违难罚，罚而难决的一系列问题，也给建设市场行政处罚的执行和《条例》的落实带来了不少尴尬。
尴尬之一：处罚依据究竟是哪一个合同对于建设单位未取得施工许可证，擅自施工的违法行为，按《条例》可以处工程合同价款1%以上2%以下的罚款。但是，在依照“工程合同价款”计算具体处罚金额时，有关部门经常遇到双方当事人未签订书面工程合同，甚至提供“阴阳合同”的情况。而依照这种“阴阳合同”来计算处罚金额，不仅给当事人规避法律、减轻行政责任提供了可能，造成了处罚金额的不确定和不客观。而且造成了不同当事人的相对不公平，与行政处罚“责罚相一致”的原则相悖。
尴尬之二：部分过错“全体”受罚合理吗?
有的工程签订的是群体建筑的整体合同，而违法开工的仅是其中部分单体建筑；或者签订的是分期开发合同，而违法开工的仅是其中一期；还有的工业厂房工程签订的工程合同，建筑工程的价款仅占很少部分，更多的是工业设备采购以及生产线调试的内容；还有的工程合同价款包含整个工程，但无开工证的仅是其加层部分。在此情况下，如拘于依照整个工程合同的价款计算处罚金额，显然对当事人有失公平，同样违背了“责罚相一致”的原则。
尴尬之三：将来未知现在就罚不合常理对于施工单位在施工中使用不合格的建筑材料、构配件和设备的，或者有不按照工程设计图纸或者施工技术标准施工的其他行为的，按《条例》应当处工程合同价款2%以上4%以下的罚款。但实际情况是，部分违法行为造成的质量问题，对整个工程和群体建筑的主体结构质量和安全影响不大，如依照整个工程合同的价款计算处罚金额，则有失公平。例如：某工程正在进行主体结构施工，检查时虽然发现正在使用不合格建筑材料，但是我们不能断定在未来的施工中，当事人仍然使用这种不合格建筑材料。此时，若依据整个工程的合同进行处罚，使得当事人现在就要承担将来不确定行为的行政责任，显然有悖常理。
尴尬之四：“酷刑”是否恰当笔者在工作实践中曾碰到这样一件事：某市行政执法人员在一工地检查时发现有一个分项工程的部分钢筋绑扎发生位移，经查是由于一个合同制工人的素质不高造成。这个情况虽然很严重，但只是极小的一部分，在整个合同价款中不足万分之一。而按《条例》应当处工程合同价款2%以上4%以下的罚款。这个工程的合同价款是1．2亿元，应该领受的“酷刑”就是至少要交纳240万元的罚款。从这个事例中我们不难看出当事人承担的行政责任明显过重。