辞書には
『〔連語〕（助詞「て」に動詞「しまう」の付いた「てしまう」が「ちまう」を経て変化したもの）東京方言などのくだけた言い方。動作の完了、実現する意を表す。「行っちゃう」「来ちゃった」 国語大辞典（新装版）小学館 1988』
と載っていますが、もちろんここで言う「ちゃう」は「違う」の「ちゃう」です。
強めて言うときには「ちゃうちゃう」と重ねて言いますが、それほど強い否定の意味はありません。
【例】
「ちゃうちゃう。それはちゃうんちゃう？」
共通語では「違うのと違いますか」とはあまり言いませんね。
普通は「違うんじゃないですか」と言うようですが、関西弁で「ちゃうやないですか」というとかなり強い否定に聞こえます。
「ちゃうんちゃいますか」というのが普通の言い方ですね。