(一)科目设置
金融机构往来业务通常设有“存放中央银行款项”、“存放同业”、“拆出资金”三个资产类科目和“向中央银行借款”、“同业存放”、“拆人资金”和“贴现负债”四个负债科目，以及资产负债共同类的“清算资金往来”科目，核算与人民银行、其他银行及金融机构之间的日常结算往来、再贴现和资金拆借业务。各科目除与人民银行往来按存款种类和借款性质进行明细核算外，其他均按往来单位设置明细账进行明细核算。
(二)账务处理
1.存放中央银行款项
(1)领取和交存现金。领取现金时，签发人民银行现金支票，借记“库存现金”科目，贷记“存放中央银行款项”科目。交存现金时填写现金交款单，作相反分录。
(2)缴存存款准备金。缴存财政性存款时，借记“缴存中央银行财政性存款”科目，贷记“存放中央银行款项”科目，退回时作相反分录;缴存一般性存款时，借记“缴存中央银行一般性款项”科目，贷记“存放中央银行款项”科目，退回时作相反分录。
2.向中央银行借款
(1)向中央银行借人时，借记“存放中央银行款项”科目，贷记“向中央银行借款”科目，归还时作相反分录。
(2)收到中央银行再贴现款时，借记“存放中央银行款项”科目、“贴现负债”科目——利息调整户，贷记“贴现负债”科目——再贴现户。
归还再贴现款时，借记“贴现负债”科目——再贴现户，贷记“存放中央银行款项”。
3.同城票据清算
票据交换时，提出的应收、应付票据与提人的应收、应付票据，金额轧差后，如应付大于应收的，则借记“清算资金往来”科目——同城票据清算，贷记“存放中央银行款项”科目。如应收大于应付，则作相反分录。
4.同业拆借
(1)拆入行的处理。拆入资金时，借记“存放中央银行款项”科目，贷记“拆入资金”科目——××行户。归还拆借资金本息时，借记“拆入资金”科目——××行户、“金融机构往来支出”科目——同业拆借利息支出户，贷记“存放中央银行款项”科目。
(2)拆出行处理。拆出资金时，借记“拆出资金”科目——××行户，贷记“存放中央银行款项”科目。收到归还拆借资金本息时，借记“存放中央银行款项”科目，贷记“拆出资金”科目——××行户、“金融机构往来收入”科目——同业拆借利息收入户。