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（一）系统研究阶段。
包括研究分析现状、找出问题和确定目标。要从全局出发，运用系统方法，正确确定系统研究的对象和范围，然后通过资料的收集和加工整理，对实际部门的调查和各种相关因素的分析，来透彻地了解物流现状和存在的关键问题，在此基础上确定预期的改进目标，并为进一步制定新的方案拟定必需的苦干原则。
（二）系统设计阶段。
包括改革方案的构思；判断和选择以及改革方案的细化。在这一阶段，要对各种可能的方案进行深入细致的比较和分析，确定各自在技术上的优劣和经济上的可行性，进而作出正确抉择。
（三）系统应用阶段。
这是改革方案的全面实施阶段。在实行中要采取相应的配套措施和保证措施，以确保方案的顺利实施和系统化的实现。
物流系统化的实现，对于物流管理来说，只是完成了最重要的一步。物流管理贯穿于整个物流活动中，必须不断地进行计划——实施——评价的反复循环，以期在物流环境和各种物流条件发生变化时，能够主动对物流系统进行必要的调整和更新，从而保持物流系统运行的最佳状态。
三、物流系统的标准化
（一）物流标准化
物流标准化，指的是以物流为一个大系统，制定系统内部设施、机械装备、专用工具等各个分系统的技术标准；制定系统内各分领域如包装、装卸、运输等方面的工作标准；以系统为出发点，研究各分系统与分领域中技术标准与工作标准的配合性，按配合性要求，统一整个物流系统的标准；研究物流系统与相关其他系统的配合性，进一步谋求物流大系统的标准统一。
物流标准化的主要特点有以下几方面：
1、物流标准化系统是属于二次系统，或称后标准化系统。
这是由于物流及物流管理思想诞生较晚，组成物流大系统的各个分系统，过去在没有归入物流系统之前，早已分别实现了本系统的标准化，并且经多年的应用，不断发展和巩固已很难改变。在推行物流标准化时，必须以此为依据，个别情况固然可将有关旧标准化体系推翻，按物流系统所提出的要求重建新的标准化系统，这就必然从适应及协调角度建立新的物流标准化系统，而不可能全部创新。
2、物流标准化要求体现科学性、民主性和经济性。这是标准的"三性"，由于物流标准化的特殊性，必须非常突出地体现这三性，才能搞好这一标难化。科学性的要求，是要体现现代科技成果，以科学实验为基础，在物流中，则还要求与物流的现代化（包括现代技术及管理）相适应，要求能将现代科技成果联结成物流大系统。否则，尽管各种具体的硬技术标准化水平颇高，十分先进。