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可此可见，物流合理化第一阶段的首要任务是使上述各系统的个别活动达到合理化要求。为了实现这一要求，除了引进必要的设备和工具是很重要的一方面之外，改善操作方法，也是至关重要的。各职能部门致力于所承担工作任务的合理化，是使成果提高的第一步。
（二）整个物流系统的合理化物流的合理化，仅靠第一阶段的工作是不够的。
也就是说，仅仅依靠各职能部门在合理化方面的单独努力，并不能实现整个物流的合理化。例如使用卡车运输商品，使运费降低的最好方法是使用租车和卡车满载，也就是说要便装载于卡车上的商品的一次装运量（即批量）尽量大批量化，而运输次数要尽量少些。与小批量而运输次数频繁的运输，即所谓小批量混装运输相比，大批量运输的费用是更为经济的。但是，如果以大批量运输，收货地仓库的商品库存量将多于小批量的运输，其库存商品的保管费用将有所增加。这就是说，虽然大批量的租车运输可以使运输合理化，并使运费降低，但是它却使收货地的保管费用增加，不利于保管的合理化。这可以说明，在物流问题上，一个部门的合理化的方法，与其它部门的合理化并没有必然联系，在它们之间，往往会出现利害的矛盾和冲突。所以在考虑合理化时，就不仅要着眼于一个部门，而且要同时考虑所采用的合理化的方法，对其它部门的影响及其利害关系，即必须整体地考虑合理化。
如果将仅从个别部门考虑的方法称为"局部思考"，那么整体目标为主要的考虑方法，可称之为"整体思考".也就是说某求物流合理化的第二阶段就是通过"整体思考"来完成的。
（三）物流整体合理化需要注意几点：
1、不仅要注意物流系统内各环节的谐调发展，更要对外部环境进行分析。从物流系统内部而言，装卸、运输、储存等诸环节发展不平衡，各物流功能间的影响也就处处存在。从物流外部系统看，它受到外部社会的、经济的、政策的以及科学技术等要素的影响，其中主要受社会资源状况、商品需要状况、社会购买力状况等的影响。
2、在进行物流整体合理化时，不仅要考虑当前利益也要考虑长远利益。如果物流合理化方案对当前和长远利益部属最优的，那么这个方案是理想方案。如对当前虽然不利，但对长远却非常有利，这样的方案从系统化的角度来说，也是可取的。
3、建立物流系统，如能保证整体利益最大，而且能保证各子系统也最大利益，这是人们所理想的，但是，事实上这又是很难做到的，因为各物流环节是互相影响、互相制约的。例如，包装部门为了降低包装费用，往往把着眼点故在如何减少工序，节约包装材料；提高包装效率，而装卸、运输部门则希望商品的包装则尽可能坚固，方便作业，对包装费用漠不关心，诸如此类的问题很多，系统化的准则是整体利益最大，在这一前提下尽管某一个分系统获得最大利益，此方案也是可取的。
二、物流过程的优化管理方法
所谓物流过程，是指商品实体从生产地至消费地的转移过程，或者由生产地经过物流据点中转，然后再至消费地的流转过程。为保证物流各环节的合理和物流过程的迅速、畅通，需要借助先进的管理方法和管理手段，并创造一定的基本条件，这就是对物流过程的优化管理。
对物流系统采用优化管理方法，可先在物流过程中的各个单项活动范围内进行，例如对运输环节作出最优运输计划；对库存管理确定其合理的库存定额；对配送作业作出最佳配送路线和配送比例，等等。最后可发展到对整个物流系统进行模拟，采用最有效的数量分析来组织物流系统，使之合理化。
（一）物流运输过程的优化
1、利用线性规划制运输计划
如一种商品的工厂生产数、用户数、商品生产成本、从某厂到消费地的单位运输费用和运输距离，以及各工厂的生产能力和消费地的需要量都已确定，则在满足各消费地需要的条件下，应由各工厂生产多少，从哪几个工厂向哪一个消费地运输多少商品才能达到总运输费用最小的目标，这便是所要解决的运输模型问题。可用线性规划来解决。
2、利用非线性规划编制计划
当工厂数和生产量不确定时，生产货用的函数是非线性的，因此应使用非线性规划来解决。又由于生产费用函数随工厂而异，故在边际生产费用和边际物流费用的平衡中，应以总生产费用与总物流费用之和最少为条件，来确定其生产量与物流量，即解决在一个工厂集中生产，远距离向多个消费地配送的物流方式，还是采用由几个工厂分散生产，就地解决供应的物流方式，可以用非线性规划的方法来解决。
（二）商品储存的优化
一种商品从生产到用户之间需要经过几个阶段，几乎在每个阶段都发生储存，因此，有一个确定库存量的问题，即在每个阶段库存量保持多少才为合理？为了保证供给，需隔多长时间补充库存？一次进货多少才能达到费用最省的目的？在一些发展国家，各类库存管理数学模型得到了广泛的应用，已取得了明显的经济效益，国外的库存模型一般从以下四个方 面着手研究：
1、需求的信息是确定型的，还是不确定型的；
2、库存模型是静态型的，还是动态型的；
3、库存商品的品种、数量有多少；
4、库存点的数量和配置情况如何。
（三）物流系统的最优化
对物流系统中各子系统，如运输、储存、配送、装卸、包装等各环节所组成的物流整体活动，因其影响因素多而复杂，因此，需要运用物流系统的模拟技术。它是利用上述各环节的活动与应完成的任务之间，或者与各项活动费用之间，以及应完成的任务与费用之间存在着错综复杂的关系而进行的模拟方法。其中，最着名的方法是克莱领。希尔模拟模型。克莱顿。希尔模型是一次采用逐次逼近法的模拟模型。
这个方法提出物流系统的三项目标：一是最高的物流服务水平；二是最小的物流费用；三是最快的信息反馈。在模拟过程中采用逐次逼近的方法来解决下列的决策变量：
I、物流中心的数目；
2、对用户的服务水平；
3、物流中心收发货时间助长短；
4、库存分布；
5、系统整体的优化。