电子商务的突飞猛进，使物流公司业务量激增。但由于与传统业务是完全不同的类型，物流公司也面临着诸多挑战。按照申通快递市场总监夏祖彬的观点，这种挑战主要是成本压力。大城市的出货量加大，小城市的派送量剧增，进出比例差距过大，使网点不堪重负，营运成本直线上升；住宅用户的增多，导致派送成本增加；此外，个性化投递需求增多（如夜间投递增多），服务时间延长，也导致服务成本上升。
电子商务所带来的挑战，最终还是要用电子商务的方式解决。
物流公司的服务往往被认为是电子商务产业链中的线下服务商。实际上，物流公司要想在电子商务领域分得更多的市场份额，就不能仅仅满足于线下服务商的角色。以申通快递为例，从2007年8月到2008年12月，淘宝网上的日均业务量从6万单增加到50万单。之所以有这样的增长速度，很重要的一个原因是，申通把自己的服务与电子商务特性无限地靠近。
申通开发了适合电子商务物流运作的IT系统，并与电子商务企业对接，信息实时传输。淘宝网上所有的订单信息经过这个系统处理后，分派到遍布全国的服务网点，整个过程不超过1分钟。
另外，买家只要在淘宝网通过他所购买商品的订单页面点击，就可以直接查询到相关的物流信息，随时了解物流状态，不必再到申通自身的网站去查询。申通在接单后的物流营运操作，都在同一平台下完成。申通自身的系统与淘宝网的系统对接，全部理赔都在网上完成，客户能及时收到他们的赔款，整个过程不超过7天。
基于电子商务的物流服务的快速发展，其本质是通过互联网及其技术，为消费者提供配送服务或者改变某种消费模式而推出全新的物流服务产品，因此物流企业与电子商务企业IT系统的整合将是其成长的核心，其中包括实时数据传输、财务系统、CIM等系统的对接，线上的业务只有充分地利用线上的手段才能最大程度地降低成本、提高效率。