生鲜食品加工配送由于商品的特殊性是物流系统中复杂程度最高、管理最难、服务水平要求最高的。生鲜商品按其秤重包装属性可分为：定量商品、秤重商品和散装商品，按物流类型分：储存型、中转型、加工型和直送型;按储存运输属性分：常温品、低温品和冷冻品;按商品的用途可分为：原料、辅料、半成品、产成品和通常商品。生鲜商品大部分需要冷藏，所以其物流流转周期必须很短，节约成本;生鲜商品保值期很短，客户对其色泽等要求很高，所以在物流过程中需要快速流转。两个评判标准在生鲜配送中心通俗的归结起来就是“快”和“准确”，实现2%的物流配送费率。
订单管理
门店的要货订单通过联华数据通讯平台，实时的传输到生鲜配送中心，在订单上制订各商品的数量和相应的到货日期。生鲜配送中心接受到门店的要货数据后，立即生成到系统中生成门店要货订单，此时可对订单进行综合查询，在生成完成后对订单按到货日期进行汇总处理，处理时系统按不同的商品物流类型进行不同的处理：
——储存型的商品：系统计算当前的有效库存，比对门店的要货需求以及日均配货量和相应的供应商送货周期自动生成各储存型商品的建议补货订单，采购人员根据此订单再根据实际的情况作一些修改即可形成正式的供应商订单。
——中转型商品：此种商品没有库存，直进直出，系统根据门店的需求汇总按到货日期直接生成供应商的订单。
——直送型商品：根据到货日期，分配各门店直送经营的供应商，直接生成供应商直送订单，并通过EDI系统直接发送到供应商。
——加工型商品：系统按日期汇总门店要货，根据各产成品/半成品的BOM表计算物料耗用，比对当前有效的库存，系统生成加工原料的建议订单，生产计划员根据实际需求做调整，发送采购部生成供应商原料订单
各种不同的订单在生成完成/或手工创建后，通过系统中的供应商服务系统自动发送给各供应商，时间间隔在10分钟内。供应商收到订单后，会立即组织货源，安排生产或做其他的物流计划，这样这个供应链的绩效得到了提高，体现在速度和质量上。
物流计划
在得到门店的订单并汇总后，物流计划部根据第二天的收货、配送和生产任务制订物流计划，计划包括人员安排、车辆安排、批次计划、线路计划、生产计划、配货计划等。
——线路计划：根据各线路上门店的订货数量和品种，做线路的调整，保证运输效率。
——批次计划：根据总量和车辆人员情况设定加工和配送的批次，实现循环使用资源，提高效率;在批次计划中，将各线路分别分配到各批次中。
——生产计划：根据批次计划，制订生产计划，将量大的商品分批投料加工，设定各线路的加工顺序，保证和配送运输协调。
——配货计划：根据批次计划，结合场地及物流设备的情况，做配货的安排。
物流计划设定完成后，各部门需按照物流计划安排人员设备等，所有的业务运作都按该计划执行，不得更改。在产生特殊需求时，系统安排新的物流计划，新的计划和老的计划并行执行，互不影响。
储存型物流运作
商品进货时先要接受订单的品种和数量的预检，预检通过方可验货，验货时需进行不同要求的品质检验，终端系统检验商品条码和记录数量。在商品进货数量上，定量的商品的进货数量不允许大于订单的数量，不定量的商品提供一个超值范围。对于需要重量计量的进货，系统和电子秤系统连接，自动去皮取值。
捡货采用播种方式，根据汇总取货，汇总单标识从各个仓位取货的数量，取货数量为本批配货的总量，取货完成后系统预扣库存，被取商品从仓库仓间拉到待发区。在待发区配货分配人员根据各路线各门店配货数量对各门店进行播种配货，并检查总量是否正确，如不正确向上校核，如果商品的数量不足或其他原因造成门店的实配量小于应配量，配货人员通过手持终端调整实发数量，配货检验无误后使用手持终端确认配货数据。
在配货时，冷藏和常温商品被分置在不同的待发区。
中转型物流运作
供应商送货同储存型物流先预检，预检通过后方可进行验货配货;供应商把中转商品卸货到中转配货区，中转商品配货员使用中转配货系统按商品再路线再门店的顺序分配商品，数量根据系统配货指令的指定执行，贴物流标签。将配完的商品采用播种的方式放到指定的路线门店位置上，配货完成统计单个商品的总数量/总重量，根据配货的总数量生成进货单。 中转商品以发定进，没有库存，多余的部分由供应商带回，如果不足在门店间进行调剂。
3种不同类型的中转商品的物流处理方式：
不定量需秤重的商品。
——设定包装物皮重。
——由供应商将单件商品上秤，配货人员负责系统分配及其他控制性的操作。
——电子秤秤重，每箱商品上贴物流标签。
设定门店配货的总件数，汇总打印一张标签，贴于其中一件商品上。
定量的小件商品(通常需要冷藏)。
——在供应商送货之前先进行虚拟配货，将标签贴于周转箱上。
——供应商送货时，取自己的周转箱，按箱标签上的数量装入相应的商品。
——如果发生缺货，将未配到的门店(标签)作废。
加工型物流运作
生鲜的加工按原料和成品的对应关系可分为两种类型：组合和分割，两种类型在BOM设置和原料计算以及成本核算方面都存在很大的差异。在BOM中每个产品设定一个加工车间，只属于惟一的车间，在产品上区分最终产品、半成品和配送产品，商品的包装分为定量和不定量的加工，对于秤重的产品/半成品需要设定加工产品的换算率(单位产品的标准重量)，原料的类型区分为最终原料和中间原料，设定各原料相对于单位成品的耗用量。
生产计划/任务中需要对多级产品链计算嵌套的生产计划/任务，并生成各种包装生产设备的加工指令。对于生产管理，在计划完成后，系统按计划内容出标准领料清单，指导生产人员从仓库领取原料以及生产时的投料。在生产计划中考虑产品链中前道与后道的衔接，各种加工指令、商品资料、门店资料、成分资料等下发到各生产自动化设备。
加工车间人员根据加工批次加工调度，协调不同量商品间的加工关系，满足配送要求。 产品入箱贴外箱物流标签，由流水线输送到成品待发区，待发区将产品按路线和门店放入笼车。在加工过程中记录车间之间原料成品转移，投料的记录计量，完工的记录计量，这些计量都通过车间的电子秤联网系统，自动纪录数据并返回到业务系统中。加工的包装机械自动实现商品的检货分检，业务系统从包装系统中采集加工结果，并对结果进行处理与核对，最终形成各门店的实配数据。在加工完成后需要对原料和成品的耗用进行试算平衡，检查异常。各商品成本核算使用耗用原料的成本全额分摊到产成品/半成品中，计算完工产品的成本，同时按照标准的BOM表和实际的加工计算加工得率(损耗率)，并形成投料对照表，供考核用。
配送运作
商品分捡完成后，都堆放在待发库区，按正常的配送计划这些商品在晚上送到各门店，门店第二天早上将新鲜的商品上架。在装车时按计划依路线门店顺序进行，同时抽样检查准确性。在货物装车的同时，系统能够自动算出包装物(笼车、周转箱)的各门店使用清单，装货人员也据此来核对差异。在发车之前，系统根据各车的配载情况出各运输的车辆随车商品清单，各门店的交接签收单和发货单。
商品到门店后，由于数量的高度准确性，在门店验货时只要清点总的包装数量，退回上次配送带来得包装物，完成交接手续即可，一般一个门店的配送商品交接只需要5分钟。