无论是进口或出口拼箱货物，从总的流程上均可分为以下三种流程：货物流，指货物从生产仓库经过各种运输环节最终到达收货人的仓库或工厂；资金流，指货物从运输的起点到终点所发生的各种费用，包括货款，陆运费、海运费、仓储费、港杂费等；信息流，指反映货物在不同运输阶段所处的内在质量和外包装及位移所产生的各种变化。在信息流中，单证的传递是很重要的一个方面。
进出口拼箱货运单证在其整个传递过程中有三个重要阶段，一、出口报关，订舱阶段；二、CFS接货、装箱及集港装船阶段；三、货物离港及到目的港，通关、提货阶段。
一、出口报关，订舱阶段
主要单证有：1．订舱委托书；2．报关委托书(货主自报关可省略)；3．报关单；4．商业发票；5．装箱单、重量单；6．出口许可证；7．商检证；8．产地证明书；9．保险单；10．出口拼箱货物
装箱准单及其它相关单据。用其确定该票货物的如下属性：
(一)物理属性：1．品名；2．毛重；3．体积；4．件数与包装；5．标记和号码。
(二)运输属性：1．发货人；2．收货人；3．通知人；4．船名、航次；5．装货港；6．卸货港；7．目的地；8.运输交接方式；9．运费支付方式。
(三)法律属性：1．是否符合出口国有关法律规定；2．是否符合进口国有关法律规定；3．海关是否已同意出口放行。
拼箱公司作为承运方接货承运，首先要注意该票货的报关单据和委托书是否相符，是否一票一单；其次还要及时核对舱位配载情况，确保该票货物按发货人要求的航班及时间配载，最后通知CFS做好接货准备。此时单证及相关信息的准确无误十分关键，如发生问题要及时通知发货人及相关部门。发货人最好选择有自己出口拼箱货物装箱准单及CFS的专业拼箱公司来代理出口运输业务，如一时找不到该公司的准单，事后一定要告之该公司在准单的第四联加盖该拼箱公司的签单章。
二、CFS接货、装箱及集港装船阶段
1.此阶段除报关时的重要单证外，拼箱公司还要缮制装货单以备二次报关使用。该装货单的场站收据副本、场站收据副本大副联、场站收据、海关副本、港口费收结算联不可遗漏。装货单的发货人需填拼箱公司，收货人需填拼箱公司在目的港或转口港的代理，还应将该批箱货的所有装箱准单号、标记和号码、件数与包装、品名、毛重、体积等相关数据依次填写清楚。
2．此阶段不但要进一步核实报关单据与委托书之间是否相符，而且要核实单货之间是否相符，做到万无一失。
3．如发生货物品名、重量、数量 等和实际情况及相关法规不符，要及时与货主及有关方面联系，变更单据使其和货物的实际情况相符。如知情不报，在后续运输及通关环节上发生问题，拼箱公司应承担相应责任。
三、货物离港及到目的港通关、提货阶段
1． 缮制海运提单，其主要内容有：①收货人的名称和地址；②发货人的名称和地址；③提单的签发日期、地点；④接受、交付货物的地点；⑤货物的标志；⑥货物的名称、包装、件数、重量及尺码；⑦货物外表良好状况；⑧签发提单份数；⑨运输条款；⑩运费条款。
集装箱提单是海上运输的重要单证，其作用如下：
① 责任划定。集装箱海运提单一经签发，即表明承运人已收到该货物并对运输的安全负有责 任。
② 交货的凭证。拼箱公司将提单送寄目的港的代理人，以取得提货的权利。
③ 运输合同的订立。集装箱海运提单一经签发，集装箱的承运人凭其收取运费，并承诺安全无误地完成该集装箱的货物运输任务。
④ 物权凭证。谁拥有提单，谁就掌握了货物的所有权，并可自由转让买卖。
2．缮制小提单(House B/L)。集装箱拼箱是由若干个发货人和收货人的货物所组成，拼箱公司根据其装箱准单分别缮制成相对应的小提单。
3．提货单。拼箱收货人在目的港以小提单在交付相关费用后从拼箱公司的代理处换取提货的凭证，并据此及相关单据进行清关。
单证伴随着整个物流运转，参与货物运输的许多当事人是看不到实际货物的，而唯一能够查核的就是单证，单证的准确无误，及时送达，在货物运输中至关重要。