ATA单证册是国际商务界普遍使用的货物免税进口通关证，它对促进产业专门化、工业现代化，传播先进技术，加快国际间的信息交流，有着深远的意义。
ATA单证册制度的运作主要涉及到ATA单证册的签发、使用和核销等各个方面的具体问题，以及各国担保商会、出证商会与海关之间的相互协调与责任划分。
ATA单证册制度的实际运作过程包括四个步骤：
一、国际商会国际局设立ATA国际联保系统，各国指定相应的担保商会和出证商会。
二、货主向被授权的出证商会提出申请，提交相应的申请文件、出证费用、担保，出证商会审核认可后，签发ATA单证册。
三、单证册随货物在各国海关之间流转，凭其办理货物暂准进出口和过境等各类报关手续。
四、单证册使用完毕后交还出证商会核销。如有未遵守使用规则的情况，单证册进入索赔阶段，待索赔事项处理结束后，核销单证册。
ATA单证册具有突出的实用性，这决定了ATA单证册制度在运转过程中，具有理论和实际紧密结合的特征。此外，随着国际经贸的发展，ATA单证册制度在36年的实施过程中，不断解决了在实践中涌现的各种新问题，体现出包容大量国际贸易新方式的能力。ATA单证册制度在运转中鲜明地体现出这一特色。
出证与担保
ATA单证册制度的运转过程中，除设立担保机构、出证机构等前提工作外，主要包括签发、使用和核销三个实际应用阶段。其中，单证册的签发阶段是决定单证册是否得以顺利使用和核销，避免产生索赔，使商会和相关国家的国家利益得到切实保护的基础。因此，被授权签证的出证商会在出证阶段所起的作用非常重要。具体说来，ATA单证册的出证工作主要分为三个部分：
一、签发准备阶段
出证机构在签发ATA单证册前，应首先对申请人和货物是否有权使用单证册进行初步的审查。
1．ATA单证册使用人
（1）ATA单证册持证人
ATA单证册的持证人不一定是货物的所有人，但他必须对单证册项下货物承担经济责任。根据《伊斯坦布尔公约》附约A第8条的规定，在任何情况下，如因货物未遵守暂准进口条件，或过境、转关运输条件，因而产生应付的进口各税和其它款项，除《伊斯坦布尔公约》第4条第4款规定的款项外，单证册的持证人都应与出证商会共同或单独承担赔付责任。
通常，单证册被签发给定居或设立在签发国的法人或自然人，该人可以是贸易商、制造商、货运代理等。但是，《ATA公约》和《伊斯坦布尔公约》对持证人的资格都没有加以限制，持证人是否在签发国定居或设立，是否是自然人或法人，都不是签发单证册的必备条件，因此，一般来说，出证机构无需考虑单证册申请人的定居地或住所地。
各国担保商会必须签署的国际商会国际局《声明》第3条规定，单证册应交给单证册上所载明的货物的所有人，或交给声明自己有权自由处理这些货物的人。此外，就出证商会所了解的情况，持证人不应违反下列条件：
棗在出证国有一个公开的居所（除非国内法律赋予更大的便利）；
棗具有绝对的债务清偿能力。
由于各国担保商会为其所在的国家／地区签发的全部ATA单证册承担担保责任，各国出证机构有权自行决定对持证人的资格加以限制。在任何情况下，出证机构都有权不说明原因，拒绝向某一特定申请人签发ATA单证册。
另一方面，《伊斯坦布尔公约》的附约和《ATA公约》的相关国际货物公约中，详细列明了暂准进口的受益人，这种做法事实上对有权使用ATA单证册从事某特定暂准进口活动的人进行了限制。
例如，《伊斯坦布尔公约》附约B2，即《关于专业设备的附约》第3条规定，ATA单证册项下的任何专业设备必须同时符合三个条件：“第一，专业设备的所有人是定居或设立在拟暂准进口国境外的自然人或法人；第二，如果进口设备的人不是所有人，他必须是定居或设立在境外的法人或自然人；第三，专业设备应仅由暂准进口人使用或在其监督下使用。”根据这条规定，《伊斯坦布尔公约》某一成员国境内的公司不能在外国申请单证册后，凭其将专业设备从国外暂准免税进口到本国使用。
此外，《伊斯坦布尔公约》附约B3，即《关于集装箱、托盘、包装物料、样品等与商业活动有关的进口货物的附约》第4条第1款d项同样规定，“样品和广告影片的所有人必须在暂准进口地关境外设立或定居。”
因此，在签发ATA单证册以前，出证机构应当根据单证册实际使用目的核实申请人是否符合相关货物附约规定的条件。
（2）ATA单证册授权代表
ATA单证册的授权代表是持单证册在国内外海关实际办理进出口报关的人。相关国际公约对授权代表的资格没有限制，向海关提交单证册办理报关手续的人可以是持证人本人，或持证人的国内或国外报关代理、商业代理、潜在的买主等。
2．对货物的初步审查
（1）货物是否符合使用ATA单证册的基本要求
第一，使用ATA单证册的货物必须是暂准进口货物，即在进口后一定期限内按进口时的原状从暂准进口国复出口的货物。
第二，ATA单证册的设立宗旨是方便持证人为其产品寻求国外定单，促进科技、文化、体育的交流。从这一原则出发，下述货物不能使用ATA单证册：
a．拟出售的物品；
b．拟用于商业性加工、修理的零配件及其它物品；
c．（通常不能复出口的）消耗品或消费品等
第三，《ATA公约》的相关公约和《伊斯坦布尔公约》的附约规定，某些特定货物不能使用ATA单证册。例如，《伊斯坦布尔公约》附约B1规定，去国外参展的货物中，含酒精的饮料、烟草制品和燃料不能使用ATA单证册免税进口。《伊斯坦布尔公约》附约B2规定，拟去国外为工业生产、货物包装或开发自然资源所使用的设备，也不能使用ATA单证册。
（2）货物拟去的暂准进口国是否接受特定的ATA单证册
单证册签发前，申请人必须确认拟去国家是《ATA公约》或《伊斯坦布尔公约》的缔约方，且ATA单证册项下货物的用途必须在暂准进口国接受的范围之内。
ATA单证册项下的货物根据其用途不同，分为参加展览会和交流会的货物、专业设备、商业样品、私人与道路车辆等12类。《ATA公约》相关公约和《伊斯坦布尔公约》各附约对如何划分货物用途作了明确规定。
《ATA公约》和《伊斯坦布尔公约》要求其成员国必须加入相关货物公约或附约，并接受所加入的各公约或附约项下用途的货物使用ATA单证册，加入数量没有限制。此外，各成员国也可以制定国内法规，扩大凭ATA单证册暂准进口的货物范围。各成员国海关有权决定货物是否有暂准进口资格。如果暂准进口国既没有加入特定用途货物所属的货物公约或附约，其国内法规也没有许可该用途的货物使用A TA单证册暂准进口，暂准进口国有权拒绝接受为该用途货物签发的ATA单证册。
虽然出证机构可以配合申请人对公约各成员国接受的货物范围进行查询，但世界海关组织发布的对《伊斯坦布尔公约》附约A第2条的解释明确说明，“单证册的持证人应确保货物所去的国家或海关关境，接受暂准进口活动所依据的货物附约。”根据该解释，确保外国海关是否接受ATA单证册是持证人的责任。
二、提交与审查申请文件
由于各国国情不同，《ATA公约》和《伊斯坦布尔公约》对单证册申请阶段的规定比较简略，而更多地将签发的要求和条件留给各国出证和担保机构决定。从公约的宗旨出发，ATA单证册的申请应尽量方便和简化。通常情况下，申请单证册时应向出证机构提交申请表、手续费、担保和货物总清单，其详细规定如下：
1．提交申请表
申请表的内容由各国担保机构自行拟定，其中通常包括申请人名称、地址等申请人基本情况，货物拟去的国家和用途等单证册基本使用情况和申请人保证条款。
由于ATA单证册的持证人有责任全额赔偿国家担保／出证机构为他们而支付的任何赔款，《声明》第4条规定，在单证册签发前，受益人应签署一份书面保证文件，保证：“（1）在规定的期限内把单证册上载明的货物运回国内，并遵守暂准出口国和暂准进口国的一切生效法规，特别是保证支付暂准进口国海关当局可能要求交纳的进口各税；（2）偿还出证商会和／或担保商会因受益人没有遵守暂准进口或过境的规定而支付的所有款项和所有因此产生的费用。”
在ATA单证册制度的实际运转中，该保证文件均以保证条款的形式被包括在申请表中。申请人一旦在申请表上签字盖章，即开始承担相关经济责任。
出证机构有权要求申请人提交相关文件，如法人代表证明、企业营业执照等，证明其在申请表中所填内容的真实性。
2．申请人交纳出证手续费
出证手续费由各国担保商会自行确定，其金额应与出证机构提供的劳务成本相当，每份单证册出证费中还应包括上缴给国际商会的16法郎费用。
各国出证机构收取出证手续费的标准各不相同，通常有以下几种办法：
（1）根据ATA单证册项下货物价值，按一定比例收费，意大利、挪威、希腊、芬兰、以色列、土耳其等国家均采用此种办法；
（2）规定一个基本收费标准，然后根据ATA单证册所去的国家数目和次数等再酌情加收附加费，采用这种办法的国家有法国、比利时、澳大利亚、美国、新加坡等；
（3）规定每经过一个国家的收费标准，按货物经过国家的数目收费，香港即采用此种办法。此外，相当多的商会将申请人分为会员和非会员，会员交纳的手续费低于非会员的费用。
3．申请人向出证机构提交担保
（1）提交担保的原因
国际商会国际局550－1／1081号文件指出，持证人提交的这一担保是为加强各成员国已有的其他国内担保而设计的。
担保商会作为各缔约方境内唯一的ATA单证册担保机构，在管理本国ATA单证册时，要面临本国ATA单证册持证人与出证机构之间能否良好合作，和各出证机构与担保商会能否良好合作等诸多风险。“其他国内担保”即指各担保商会为管理本国ATA单证册而必须采取的安全措施。国际商会的《议定书》和《声明》两份文件中对此做了专门规定。由于在被许可加入ATA国际联保系统之前必须签署这两个文件，所有担保商会都应遵守《议定书》和《声明》的要求，建立符合要求的担保体系，以确保ATA联保系统在各自国家内安全运转。
除“其它国内担保”之外，《声明》第4条特别规定，签发单证册以前，ATA单证册申请人应签署一份保证文件，保证赔偿国家担保机构为它的利益而赔付的任何税款。该保证文件通常以保证条款的形式被列明在申请表中。此外，申请人还必须提交一份符合《声明》第6条要求的担保。
世界海关组织发布的《ATA公约释义》指出，各担保商会有责任向外国海关赔付在其境内签发的所有ATA单证册应付款项，单证册的出证机构应全额赔付本国担保商会为其签发的单证册而向国外担保商会赔付的款项。因此，申请人提交的保证和符合《声明》要求的担保是出证机构向本国担保商会履行赔付义务的根本保障。
（2）担保形式
《声明》第6条规定，申请人向出证机构提交担保的形式由出证机构选择，可以包括：
（a）由一个或者一个以上的保险公司、银行或者担保组织出具的连带责任担保；
（b）押金、抵押股票或代为冻结银行存款。
各国担保商会从本国的国情出发，根据上述原则，建立了各自不同的担保方式。概括起来，分为以下几种：
第一、要求申请人直接向出证机构提供押金、银行担保或保险单。
美国、日本、芬兰、挪威、香港等许多国家和地区的出证机构都将申请人提交押金作为主要担保方式之一。押金的安全性最强，但它给申请人带来的经济压力较大。
各国出证机构接受的银行担保形式通常都是银行保函，美国和加拿大同时也接受信用证。
提交保险单时，某些国家的出证机构要求申请人自行向保险公司投保，向出证机构提交保险公司保函。以德国为代表的一些国家的出证机构则作为保险公司的代理人，代收申请人交纳的保险费。
第二、担保商会与保险公司签订涵盖签发A－TA单证册所有风险的一揽子保险协议。担保商会作为投保人向保险公司直接投保，申请人无须另外交纳保险费或办理向保险公司投保手续。采取这种办法时，商会承担的风险全部转嫁到保险公司身上，需要高水平的社会信用制度。德国等一些欧洲国家在实施ATA单证册制度的早期曾采用过这种方式，但近年来多对此加以修正，而采用第三种做法。
第三、同时使用这两种担保。法国、德国等国家的担保商会与保险公司签署一份总的保险协议，出证机构对一定价值以下的货物免收保险费，或代保险公司收取保险费后直接签发ATA单证册。对高于一定价值的货物，出证机构则要求申请人另行提供押金、银行或保险公司担保。
以美国为代表的一些国家规定，申请人可以提交押金、银行或保险公司保函，也可以向出证机构交纳保险费，由后者代为向保险公司投保，同时，该担保商会同保险公司签署一揽子协议，投保上述担保不足以赔抵外国海关索赔款的风险。
中国国际贸易促进委员会作为我国ATA单证册担保商会，规定申请人可以提交押金、银行保函或保险公司保函，此外，中国贸促会同中国人保财产险公司签署了一揽子保险协议，投保申请人提交担保不足的风险。
不论采取何种担保方式，各国担保商会应确保出证机构代其严格遵守《声明》第6条的规定，向持证人提供充分、有效的担保。
（3）担保金额
《ATA公约》第6条和《伊斯坦布尔公约》附约A第8条规定，担保金额应包括海关可能征收的最高进口关税的110％，以及因持证人违反暂准进口或过境的规定致使出证商会可能支付的所有费用以及所产生的费用。《声明》第6条规定，如果担保有限额，则出证机构应负责担保超额部分。担保金额不足以赔付外国海关索赔时，出证机构不能免除向本国担保商会全额赔付的责任。因此，各国出证机构都必须适当确定持证人提交担保的金额，确保该担保能充分涵盖出证机构承担的风险责任。
各国出证机构确定担保金额的办法可以分为以下两种：
第一、按照拟暂准进口或过境的国家中对货物征收的最高进口各税的110％确定担保的金额。为确定进口国税率，新加坡国际商会、伦敦工商会等许多担保商会使用“ATA单证册担保比率表”，该表列出各缔约方的进口税率。担保商会之间互通情况，定期更新该比率表，使之与各国海关的规定始终保持一致。这种办法较贴近实际税率，我国也采纳了用具体税率表征收担保的方式。
ATA单证册担保税率表将货物分成28类，即：1．（非电动）机械；2．绘画或艺术作品原作；3．摄影和摄像设备（录像设备除外）；4．珠宝和贵金属、宝石；5．带引擎的机械；6．电动／电子设备和科学设备（计算机除外）、录像设备；7．邮票；8．游艇和小型船舶；9．书籍；10．车辆；11．展台；12．服装；13．家具和室内装修物品；14．手动工具；15．兽皮、毛皮和皮革货品；16．牲畜；17．（电动／电子的）音乐设备和音乐演出设备；18．计算机设备；19．道具；20．地毯和毛毯；21．餐饮设备；22．（电动或非电动）玩具；23．体育设备；24．古董文物；25．仿造或人造珠宝；26．未成串串起的宝石；27．鞋类；28．（非电动或电子的）音乐演出或音乐设备。
如果申请ATA单证册的货物不属于税率表中的某类货物，则出证机构可以按最相近似原则，按与其最类似的货物种类确定货物担保比率。ATA单证册担保比率表是商会从实用角度出发制定的，体现了最大程度减轻持证人负担，便利持证人的思想。例如，机械类产品使用数量多，税率变动幅度较大，因此，机械产品被详细地区分为非电动机械、带引擎的机械和手动工具三类，对其适用不同的担保金额。同样，珠宝被区分为仿造或人造珠宝、未成串串起的宝石和贵金属、珠宝三类，以保证对同类产品中税率较低的货物征收的担保比率也较低。
第二、不论货物的种类或所去的国家，一律按统一比例确定担保金额。例如：美国担保商会，美国国际商务理事会规定，除了去往以色列、南非的货物，所有货物一律按货物总价值的40％收取担保。香港国际商会规定，所有货物按货物总价值的200％收取担保。这种办法的优点在于手续简便，缺点在于因担保比率固定，总会存在申请人所交担保高于实际需要或者低于进口国税率的现象，从而或是给申请人造成了额外的经济压力，或是出证机构承担一定的风险。
（4）担保期限
国际商会第1082号文件指出，“除非正式的诉讼请求在规定的期限内被送达给国家担保组织，（申请人提交）担保的期限为两年半，但出证商会可以在失效期前出具撤销担保的证明。”
在实际运作中，各担保商会都要求申请人提交担保的有效期不应少于33个月。这一期限是按ATA单证册有效期，加上海关提起索赔和商会处理索赔的期限计算出来的。ATA单证册最长有效期为12个月，海关提起索赔的期限为单证册期满后一年，《ATA公约》第6条和《伊斯坦布尔公约》第8条规定，货物未遵守暂准进口或过境条件时，“海关如未在单证册期满后一年内向担保商会提起追索，则在任何情况下都不应再向担保商会追索货物进口各税和其它款项。”担保商会处理索赔的时间共计有9个月，《ATA公约》第7条和《伊斯坦布尔公约》第9条的规定，担保商会从海关提起追索之日起有6个月的时间，提供货物已复出口或ATA单证册已正式注销的证明，此后，担保商会还有3个月的宽限期可以继续提交证明。如自签发之日起33个月后ATA单证册仍不能被正式核销，则索赔程序终止，担保商会应向国外海关支付索赔款。
如上所述，自ATA单证册签发之日起33个月的期限，就是担保机构为ATA单证册承担担保责任的期限。如果申请人提交的是银行保函、保险单或保险公司保函，则保函或保险单的有效期最少为33个月，申请人提交的押金理论上应扣押33个月。如果ATA单证册使用结束后被及时返还给出证机构，经查实未违反使用条件，出证机构有权决定提前核销担保，退还押金、银行或保险公司保函、保险单。但是，如果出证机构审查单证册时发现其使用中违反了相关规定，则不能提前退还担保，而只能在海关未在规定期限内提起索赔时，或索赔处理完毕后，出证机构才有权决定是否退还押金、银行或保险公司保函或保险单。
4．申请人提交货物总清单
（1）货物总清单的内容
ATA单证册是一份国际海关文件，而货物总清单是ATA单证册的重要组成部分，因此，总清单的填写必须清楚、明确。出证机构应详细指导申请人如何填写。
总清单上主要包括货物的项号、品名、件数、重量或体积、原产国以及货物价值。为防止低报货值，出证机构应提醒持证人注意，总清单所申报的货值应当是货物的真实商业价值。出证机构有权要求申请人提交货物发票、生产厂家发票等文件，对其所填货值加以证实。此外，出证机构应告知申请人，如海关在货物暂准进口、过境或单证册调整过程中发现有低报货值行为，货物被海关没收或持证人被海关处罚的风险由持证人承担。根据《ATA公约》第15条和《伊斯坦布尔公约》附约A第16条的规定，“若发生欺诈、违法或滥用单证册情况，各缔约方可不受本公约／本附约的约束，有权直接向使用该单证册的当事人提出诉讼，追缴进口各税及其它应付款项，并给以其应得的处罚。”如果某一持证人被海关发现低报货值，出证机构或担保商会有权暂时或永久性地拒绝向故意错误申报货值的持证人签发ATA单证册。
（2）填写中的注意事项
ATA单证册一旦签发，在货物总清单上不得作任何修改或补充。《伊斯坦布尔公约》附约A第5条和《ATA公约》第4条第2款都规定，ATA单证册一经签发，在总清单及其续页上，不得增添额外的货物。为此，商会通常要求申请人在总清单最后一行打上货物大写金额，或打上“本行下无其它货物”的字样。
国际商会相关文件指出，持证人有权按需决定将总清单上所列货物分开运载。因此，持证人使用ATA单证册时，可以一次只运送总清单上的一部分货物暂准进口。