大批量的出口大米通常需作船舶熏蒸处理。目前用于船舶熏蒸的药剂主要有溴甲烷、磷化铝2种，而熏蒸方式有“在港”与“随航”2种。在港熏蒸时，糊封、投药、密闭、散气等熏蒸的各个程序都在港内完成；随航熏蒸则是在糊封、投药，作适时监测后，货舱保持密闭状态，船舶离港在航行途中完成散气程序。由于溴甲烷药性发挥迅速，其密闭时间一般只需30小时左右，磷化铝药性发挥缓慢，密闭时间通常需要5天以上，因此实际采用的主要有磷化铝随航熏蒸与溴甲烷在港熏蒸2种形式。因为特殊情况也曾采用过磷化铝在港熏蒸与溴甲烷随航熏蒸，如1994年出口到日本的大米因航程较短，全部采用了磷化铝在港熏蒸。
对出口大米的船舶熏蒸都需作动植物检疫监管。进行在港熏蒸时，检疫人员需对熏蒸的全过程实施监管，并分舱安放虫样，在散气之前检查虫样的死活，以确证熏蒸效果，在全部虫样死亡之后才允散气。进行随航熏蒸时，检疫人员对糊封、投药情况实施监管，并在投药后监测8－10小时，无异常情况可允船舶离港。根据需要检疫人员有时随船继续监管熏蒸过程，直至散气完毕，抵目的港后另行返回。