世贸组织协定和协议中的例外规定包括三大类：基本原则的例外、一般例外和安全例外。人们又把“例外规定”称为世贸组织的灵活适用原则。
(一)基本原则的例外
1.最惠国待遇原则的例外
根据世贸组织多边贸易协议中的规定，成员之间在某些特定情况下不适用协议最惠国待遇原则条款，主要有以下几种：
(1)以关税同盟和自由贸易区等形式出现的区域经济安排。
(2)发展中成员实行的特殊和差别待遇。
(3)允许成员为便利边境贸易而只给予毗邻国家优惠。
(4)知识产权领域的例外：在一般司法协助的国际协议中享有的权利;在世贸组织成立前已生效的国际知识产权保护公约中规定的权利，各成员可不给予最惠国待遇。
(5)服务贸易的一次性例外。
2.国民待遇原则的例外
国民待遇原则的例外主要有：
(1)政府采购的例外。未参加《政府采购协议》的成员政府，在为自用或为公共目的采购货物时.可优先购买国内产品。
(2)符合《补贴与反补贴措施协议》和《农业协议》规定的只给予某种产品的国内生产者补贴。
(3)成员可要求本国电影院只能放演特定数量的外国影片。
(4)在服务贸易领域，成员没有作出开放承诺的服务部门，不适用国民待用原则。即使在已经做出承诺的部门，也允许对国民待遇采取某些限制。
(5)知识产权协定未作规定的有关表演者、音像制品作者和广播组织的权利可不适用国民待遇。
3.自由贸易原则的例外
自由贸易原则的例外主要是：
(1)实施数量限制例外。在特殊情况下，成员可以实行数量限制，但要做到“非歧视性”。
(2)《服务贸易总协定》的市场准入例外，未谈判达成协议的部门即为限制或禁止的。
此外，公平竞争原则和透明度原则也有一些例外规定，如：在进口激增并对国内相关产业造成严重损害或严重损害威胁时，可采取进口限制的保障措施;不要求成员公布那些会妨碍法令的贯彻执行、会违反公共利益或会损害某一企业的正当商业利益的机密材料。
(二)一般例外
1.货物贸易领域的一般例外
《关贸总协定》第20条具体规定了可以免除成员义务的10种一般例外措施：为维护公共道德，为保障人类和动植物的生命或健康，以及有关输出或输入黄金或白银，有关罪犯生产的产品等，成员可采取必要的措施限制特定来源的进口。
2.服务贸易领域的一般例外
《服务贸易总协定》第14条规定成员在不对其他成员构成歧视，或不对服务贸易变相限制的情况下可以实施6种一般例外措施。
3.知识产权领域的一般例外
成员如采取一般例外措施，可不受世贸组织规则及该成员承诺的约束，但应遵守非歧视原则。
(三)安全例外
世贸组织的安全例外规定，允许成员在战争、外交关系恶化等紧急情况下，为保护国家安全利益采取必要的行动，对其他相关成员不履行世贸组织规定的义务。