即使选择的目标指数相同，指数基金也可能表现不同。这里先介绍指数基金的两个大类：ETF和传统指数基金。
ETF中文名称为"交易型开放式指数基金"，它与传统的指数基金有很大区别。首先是交易方式
。ETF与股票一样，只要有证券账户，就可随时买卖，交易价依市价实时变动。这里的市价，不同于基金的单位净值，但与净值相差不会太多。而传统指数基金和其他开放式基金相同，都是通过银行、券商、基金公司直销网点等方式申购赎回，进出的价格以当日基金单位净值为准。
交易方式不同，导致交易成本也两样。传统指数基金每年需支付约1.5%管理费，较ETF的管理费(约0.3%-0.5%)高出不少；另外传统指数基金申购时需支付1%左右手续费，赎回时需支付0.5%左右手续费，而ETF的交易佣金最多不超过0.3%。ETF交易成本相对便宜。而基金管理方式的不同，则是造成追踪同样目标指数的ETF和传统指数基金业绩差别的主要原因。
ETF属于"被动式管理"，ETF管理人不会主动选股，指数的成份股就是ETF持股对象。其重点不是打败指数，而是追踪指数。一只成功的ETF能尽可能与标的指数走势一模一样，即能"复制"指数，使投资人安心地赚取指数的报酬率。传统股票型基金则多属于"主动式管理"，一般持股的90%都是目标指数的样本股，基金经理会通过相对积极操作，达到基金报酬率超越目标指数的目的。所以同样追踪上证50指数，50ETF跟易方达50相比，净值走势跟该指数会更为接近。
不同的管理方式各有利弊。相对而言ETF更好判断，只要看看目标指数，就知道它走得好不好。但如果想要打败指数，传统基金更有可能，但同样它也可能跑输指数。还有一点区别，就是ETF没法像传统基金一样通过银行定期定额投资。目前市场上追踪对象相同、但交易方式两样的仅有两对，除了50ETF和易方达50之外，就是深100ETF和融通100。