1、债权记录方式不同
记账式国债通过债券托管系统记录债权，投资者购买记账式国债必须开设账户；购买凭证式国债则不需开设账户，由发售银行向投资者出示凭证式国债收款单作为债权记录的证明。
2、票面利率确定机制不同
记账式国债的票面利率是由国债承购包销团成员投标确定的；凭证式国债的利率是财政部和中国人民银行，参照同期银行存款利率及市场供求情况等因素确定的。
3、流通或变现方式不同
记账式国债可以上市流通；凭证式国债不可以上市流通，但可以提前兑取。
4、到期前卖出收益预知程度不同
记账式国债二级市场交易价格是由市场决定的，买卖价格（净价）有可能高于或低于发行面值。当卖出价格高于买入价格时，表明卖出者不仅获得了持有期间的国债利息，同时还获得了部分价差收益，当卖出价格低于买入价格时，表明卖出者虽然获得了持有期间的国债利息，但同时也付出了部分价差损失。因此，投资者购买记账式国债于到期前卖出，其收益是不能提前预知的。而凭证式国债在发行时就将持有不同时间提前兑取的分档利率做了规定，投资者提前兑取凭证式国债，按其实际持有时间及相应的利率档次计付利息。也就是说，投资者提前兑取凭证式国债所能获得的收益是提前预知的，不会随市场利率的变动而变动。