所谓实物结算，是指投资者若要求行权，权证发行人有义务按照行权价向权证持有人买入（认沽证）或卖出（认购证）正股。以融资为目的的权证，如分离转债权证，以实物结算为主。权证持有人行权时，须主动提出申报，否则看作自动放弃行权。与此同时，认购证持有人需在户上存入与待行权权证数量相应的现金，否则视为无效申报；认沽证持有人需保证账户上应有与待行权权证数量相应的正股，否则视为无效申报。此外，行权时还需缴纳一定的过户费，即证券面值的0.05%。
值得一提的是，按照中登公司处理系统的规则，行权收益逐笔处理，每笔行权不足1股的零碎股全部去掉，同一行权日内的多次申报将多次处理，每次申报行权所产生的小数点之后的股数不能合并计算。行权获得的标的股票需次日才能上市流通。
若到期时权证处于价内，即存在行权价值，持有人应主动提出行权申报；相反，持有人应放弃行权。因此，对于即将到期的权证，投资者就留意权证内在价值的变化，切莫错过行权期。数据显示，钾肥JTP1在最后交易日报收0.107元，正股盐湖钾肥报收45.21元，而钾肥JTP1行权价仅为15.1元，处于深度价外，毫无行权价值。
所谓现金结算，是指在行权时，权证持有人按行权价与结算价及行权费用之差价收取现金，其中结算价取行权日的前10个交易日正股收盘均价。现金结算是目前国际权证市场（如香港权证市场）的主流结算方式。随着我国权证市场的发展，将来由券商发行的备兑权证，也将主要采用现金结算方式。
南航JTP1是我国权证市场上首个采用现金结算的权证。南航JTP1到期时，如果处于价内，权证持有人无需主动申报，结算系统将根据权证行权价及权证结算价的差额并扣减相应行权费用后，给予持有人相应的现金收入。现金结算免除了实物结算的麻烦，也避免权证具有行权价值时，持有人因无法准备相应的现金或正股参与行权甚至忘记行权而造成的损失。