细菌性痢疾临床上以发热、腹痛、腹泻、里急后重感及粘液脓血便为特征。其基本病理损害为结肠粘膜的充血、水肿、出血等渗出性炎症改变。 潜伏期一般为1～3天（数小时至7天）。
（一）急性菌痢可分为三种类型。
1.急性典型：起病急，畏寒、发热，多为38～39℃以上，伴头昏、头痛、恶心等全身中毒症状及腹痛、腹泻，粪便开始呈稀泥糊状或稀水样，最多，继则呈粘液或粘液脓血便，量不多，每日排便十次至数十次不等，伴里急后重。左下腹压痛明显，可触及痉挛的肠索。病程约一周左右。少数患者可因呕吐严重，补液不及时脱水、酸中毒，电解质紊乱，发生继发性休克。典型的急性细菌性痢疾的主要特征是起病急，发热、腹痛、脓血便，并有中度全身中毒症状。腹泻呈1日10多次或更多。重症患者伴有惊厥、头痛、全身肌肉酸痛，也可引起脱水和电解质紊乱。
2.急性非典型型：一般不发热或有低热，腹痛轻，腹泻次数少，每日3～5次，粘液多，一般无肉眼脓血便，无里急后重。病程一般为4～5日。非典型的急性细菌性痢疾以婴儿多见。多无全身中毒症状，不发热或低热。腹痛较轻，腹泻呈一日3～5次。粪便成水样或稀糊状，含少量粘液，但无脓血。左下腹可有压痛。食欲减退，并有恶心、呕吐。
3.急性中毒型：此型多见于2～7岁健壮儿童，起病急骤，进展迅速，病情危重，病死率高。急性中毒性菌痢起病急、发展快，体温可达40摄氏度以上。小儿患者早期出现烦躁、慌恐和惊厥等。少数患儿可表现抑郁，如嗜睡、精神萎靡、昏迷或半昏迷等，数小时内可发生休克或呼吸衰竭。小儿主要表现为高热、惊厥，而发病初期肠道症状不明显。成人患者主要表现为脓血便频繁，循环系统症状明显。
（二）慢性菌痢
病情迁延不愈超过2个月以上者称作慢性菌痢，多与急性期治疗不及时或不彻底，细菌耐药或机体抵抗力下降有关，也常因饮食不当、受凉、过劳或精神因素等诱发。慢性细菌性痢疾可为急性细菌性痢疾治疗不彻底，或迁延未愈，或开始症状较轻而逐渐发展起来，且病情迁延达两个月以上者。