功能性消化不良的治疗应以中医中药为主，根据病人不同的情况进行辨证施治。并可以配合针灸、按摩、太极拳等辅助疗法。症状较重者，可配合服用吗叮啉或普瑞博思（西沙比利）、莫沙比利。
1、心理治疗。
2、调理饮食及生活方式。
3、药物治疗。