本病可能与胃动力及感觉障碍、胃酸分泌异常、胃幽门弯曲杆菌感染及胃十二指肠炎、精神、应激及环境因素有关。
功能性消化不良的发病诱因很多，其中精神因素作为发病诱因比较常见。精神紧张或抑郁状态下，胃的运动与分泌减弱，甚至可能停止，在抑郁，灰心时，肠蠕动呈抑制状态，焦虑或抑郁的心理状态可引起体内某些激素分泌的改变和植物神经功能改变，从而导致功能性消化不良。