获得性补体缺陷是补体活化（如循环免疫复合物或内毒素存在的情况下）过程中造成的，它可增加患者对感染的易感性。在临床上，获得性初体缺陷很常见，如烧伤患者伴有的低补体血症和败血症；肾病综合征患者易患感染性疾病，其血清补体水平也有异常；肿瘤化疗患者可伴有低补体血症、调理及杀菌功能障碍；镰刀细胞贫血患者常继发补体缺陷，此类患者常伴有严重的细菌感染，尤其是肺炎球菌和流感嗜血杆菌感染。Koethe等人认为这是由于患者体内D因子部分缺陷使患者的调理功能受损所致；脾脏切除术后也出现调理功能障碍；在营养状况差、蛋白质热卡不足时，也会造成所有补体成分功能低下。另外，一些自身免疫性疾病和免疫复合物性疾病过程中造成的补体大量消耗也是造成补体缺陷的原因，治疗原发病可纠正补体缺陷。