由于急性肾炎是溶血性链球菌感染后机体发生自身免疫反应引起的疾病，因此最根本的预防措施是预防溶血性链球菌的感染。如果平时能加强身体锻炼，增强体质，增加抵抗力，注意个人卫生，避免或减少上呼吸道、咽喉部及皮肤的感染，就能减少急性肾炎的发生。一旦发生上述感染，应及时选用适当的抗生素彻底治疗，其中以注射青霉素（80万单位，肌注，每天2次）效果最好，因为青霉素是杀菌药，能杀灭局部的细菌，清除局部的病灶，消除抗原，避免发生自身免疫反应。这样做虽然并不一定就能绝对避免急性肾炎的发生，但可以及时消灭“致肾炎菌株”的流行和扩散，减少急性肾炎的发生。并应在注射青霉素以后的2～3周内连续检查尿常规，以便能及早发现病情，及时给予治疗。对于反复发生的咽炎、扁桃体炎更要积极治疗。
预防急性肾炎主要防治能引起肾炎的其他有关的疾病（亦称肾炎的前驱病），尤其是防治溶血性链球菌感染所引起的一些疾病，如上呼吸道感染、急性扁桃体炎、咽炎、猩红热、丹毒脓疮等，人体感染上述疾病要经过一段时间才能引起肾炎，叫潜伏期。如上呼吸道感染、急性扁桃体炎，其潜伏期约一至二周；猩红热约二至三周；脓疮病约二至四周。潜伏期是机体发生反应的过程，在感染上述前驱病时，如能及时治疗则可阻止免疫反应的发生。据临床观察，扁桃体炎、咽炎及其他慢性感染病灶反复发病者，可引起急性肾炎并使其转为慢性肾炎。因此如果证实急性肾炎是由扁桃体炎引起，在适当时作扁桃体摘除，有助于治愈及预防复发。其他细菌、病毒、原虫等都能引起肾炎，因此，对引起肾炎前驱疾病的积极及时的防治，对预防急性肾炎的发生以及防止急性肾炎转为慢性肾炎均有重要意义。